Volba specializace (viz sekce Magisterské studium) zpravidla, nikoliv však zcela nutně, souvisí s volbou tématu diplomové práce. Možné však jsou i alternativy - např. student s diplomovou prací v oblasti evoluční ekologie ptáků využívající genetických metod si může zvolit specializaci Etologie a ekologie, Zoologie obratlovců nebo Evoluční biologie živočichů anebo studijní program Evoluční biologie. Volba záleží na tom, zda si chce student v rámci studijního plánu raději rozšířit znalosti o ekologii a etologii, o systematickou zoologii anebo o speciální či obecnou evoluční biologii. Informace pro volbu správné specializace případně poskytnou garanti programu, školitel diplomové práce, popř. kdokoliv z akademických členů katedry. V rámci studijního programu Zoologie je součástí studijního plánu absolvování jednoho ze dvou povinně volitelných předmětů: Evoluční a systematická zoologie (MB170P56) nebo Evoluce živočichů (MB170P77). Ostatní povinně volitelné předměty jsou pak v rámci doporučených studijních plánů jednotlivých specializací. Magisterské studium končí státní závěrečnou zkouškou, během které jsou studenti vyzkoušeni ze tří předmětů. První předmět je společný pro všechny specializace: Srovnávací a systematická zoologie. Druhý předmět vyplývá ze specializace (je to tedy Zoologie bezobratlých, Entomologie, Zoologie obratlovců, Etologie a ekologie nebo Evoluční genetika živočichů). Třetí předmět je volitelný (například Evoluční biologie, Behaviorální ekologie, Imunologie, Fauna ČR a SR, Biogeografie).