Katedra zajišťuje výuku odborných kurzů na bakalářském, magisterském i doktorském stupni studia. Bakalářští studenti na sekci biologie ještě nejsou přidruženi k jednotlivým katedrám a své studium si skládají podle studijních plánů svého konkrétního oboru z odborných předmětů vyučovaných napříč celou biologickou sekcí a dalšími sekcemi. Po navázání spolupráce s vedoucím bakalářské práce se studenti neformálně přidružují ke katedře svého školitele, na které budou bakalářskou práci obhajovat. Na magisterském a doktorském stupni studia jsou studenti již pak oficiálními členy katedry a jejich studium již z velké části sestává z práce na diplomových či disertačních projektech a (především v doktorském stupni) i z podílu na výuce mladších kolegů.

Katedra každoročně organizuje či spoluorganizuje řadu atraktivních terénních cvičení a exkurzí v tuzemsku i v zahraničí, které si mohou zapsat studenti na všech stupních studia. Jedná se například o Terénní cvičení ze zoologie (MB170T24) v Lednici, Veselí nad Lužnicí, nebo v okolí Prahy, Faunu České republiky a Slovenska (MB170P08), Metody kvartérní paleontologie (MB170P19), Exkurzi mořská a suchozemská fauna středomoří (MB170T103; s Katedrou ekologie) a Mezioborovou exkurzi k biologii evropských ekosystémů (MB120T08; s Katedrou ekologie).