V programu Protistologie je povinné absolvování jednoho předmětu Obecná protistologie (MB160P74). Magisterské studium končí státní závěrečnou zkouškou, během které jsou studenti vyzkoušeni ze tří předmětů. První předmět je Fylogeneze a diverzita protist, druhý předmět lze zvolit mezi předměty Molekulární fylogenetikou a metodami rekonstrukce evoluce nebo Obecnou ekologií a třetí volitelný předmět se volí z nabídky Evoluční biologie, Evoluce eukaryotické buňky, Parazitologie, Algologie, Bioinformatiky a Ekologie sinic a řas.