V programu Evoluční biologie jsou dvěma povinnými předměty Evolutionary genetics (MB170P102) a Ecological Developmental Biology and Evolution of Phenotype (MB162P11). I zde je pak na výběr z velkého množství povinně volitelných předmětů, které nabízejí paletu možností pro individuální rozvoj dle zájmu studenta. Magisterské studium končí státní závěrečnou zkouškou, během které jsou studenti vyzkoušeni ze tří předmětů. První předmět je Obecná evoluční biologie, mechanismy evoluce, druhý předmět Biodiverzita a třetí volitelný předmět lze vybrat mezi Biogeografií​, Molekulární fylogenetikou a metodami rekonstrukce evoluce​, Srovnávací a systematická zoologií​, Srovnávací a systematická botanika​, Mikrobiologie a protistologie​, Bioinformatika​, Ekologie společenstev​, Biomy Země​, Oceánografie a biologie mořského prostředí​ nebo Ochrana přírody.