Co formuje urbánní společenstva ptáků v tropech? Testování jevu „luxury effect“ ve městech státu Karnátaka, jihozápadní Indie (PI Jan Grünwald, vedoucí Jiří Reif, GAUK, 2023-2025)
Cesta k porozumění procesům zodpovědným za úbytek biodiverzity zemědělské krajiny: poučení od ptáků střední Evropy (PI Jiří Reif, GAČR, 2023-2025)
Rozpletení role pesticidů, potravní nabídky a vlastností biotopu coby možných příčin poklesu populací ptáků zemědělské krajiny: přístup pomocí mezinárodního „přírodního experimentu“ (PI Adriana Hološková, vedoucí Jiří Reif, GAUK, 2022-2024)
Vojenská cvičiště v proměnách času: Zefektivnění péče o bývalé vojenské prostory na základě evaluace dlohodobého sledování vývoje biodiverzity a využívání území (co-PI Jiří Reif, TAČR, 2021-2023)
Vztahy mezi migračními zvyklostmi, fenologií, biotopovými nároky a demografií jako klíč k pochopení zákonitostí populační dynamiky tažných ptáků (co-PI Jiří Reif, GAČR, 2020-2022; splněn jako vynikající)
Jak naložit s refugii biodiverzity v zemědělské krajině? Poučení z vývoje ptačích společenstev v opuštěných vojenských prostorech (PI Lenka Dvořáková, vedoucí Jiří Reif, GAUK, 2020-2022; splněn jako vynikající)
Trendy početnosti ptačích populací v podmínkách globálních změn: cesta k porozumění působícím mechanismům (PI Jiří Reif, PRIMUS – UK, 2018-2022)
Vliv urbanizace na různé aspekty diverzity ptáků: vztah složení ptačích společenstev k míře znečištění, vegetaci a hustotě zástavby (co-PI Jiří Reif, GAČR, 2018-2020; splněn jako vynikající)
Vliv invazních rostlin na ptačí společenstva: studium mechanismů jejich působení pomocí vybraných druhů dřevin zavlečených do České republiky (PI Jiří Reif, GAČR, 2014-2016)
Jakými mechanismy ovlivňují invazní dřeviny společenstva ptáků? Případová studie trnovníku akátu (Robinia pseudacacia) (PI Jan Hanzelka, vedoucí Jiří Reif, GAUK, 2014-2015)
Zhodnocení vybraných mechanismů působení environmentálních faktorů na početnost ptačích populací (PI Tomáš Telenský, vedoucí Jiří Reif, GAUK, 2012-2014)
Zákonitosti v dlouhodobých změnách početnosti ptáků: od popisu nápadných jevů, k odhalení nejdůležitějších působících procesů (PI Jiří Reif, GAAV, 2009-2011; splněn jako vynikající)