Doktorský studijní program Molekulární a buněčná biologie, genetika a virologie

Na této stránce najdete informace pro uchazeče o přijetí, studenty a školitele doktorského studijního programu Molekulární a buněčná biologie, genetika a virologie, relevantní pro všechny čtyři fakulty, na kterých je program akreditován, a týkající se následujících věcí:

Charakteristika programu, profil a možné uplatnění absolventa

Cílem programu je poskytnout studentům pokročilé teoretické i praktické znalosti v oblastech molekulární a buněčné biologie, genetiky a virologie, seznámit je s moderními metodickými i technickými přístupy využívanými v daných oborech a s možnostmi jejich uplatnění při řešení aktuálních problémů v biologických vědách a biomedicíně včetně interdisciplinárních přesahů. Toto zaměření lze charakterizovat jako studium biologických procesů na molekulární a buněčné úrovni, zvláště komplexních interakcí mezi buňkami a prostředím a mezi informačními biologickými makromolekulami (DNA, RNA, proteiny), a to za použití nejmodernějších molekulárně biologických a bioinformatických přístupů a technik.

Absolvent programu by měl být odborníkem v oblastech molekulární a buněčné biologie, genetiky nebo virologie v závislosti na specifickém zaměření dizertačního projektu, a ovládat řadu metod a technik těchto výzkumných oblastí. Pravidelně by se měl seznamovat s nejnovějšími vědeckými poznatky a metodickými přístupy souvisejícími s výzkumem v těchto oborech. Díky znalostem molekulární a buněčné biologie by měl být schopen se relativně snadno orientovat i v příbuzných vědních disciplínách. Získané znalosti by měl dokázat využít při plánování a interpretaci výsledků biologických a biomedicínských experimentů: samostatně formulovat komplexní výzkumné problémy, navrhovat efektivní postupy jejich řešení, rozpoznat a vyhodnotit možnosti a slabiny různých metodických přístupů a technik, vyhodnocovat získaná data a kriticky je interpretovat. Výsledky vědeckých experimentů by měl zároveň umět srozumitelně a vhodnou formou vysvětlit a prezentovat domácí a zahraniční odborné i laické veřejnosti. Musí být schopen samostatné publikační činnosti a psaní vědeckých projektů, stejně jako objektivního posuzování publikací a projektů jiných autorů. Je plně připraven pro mezinárodní vědeckou spolupráci a dokáže se zapojit do oborově i mezioborově zaměřených vědeckých týmů.

Obory molekulární a buněčné biologie, genetiky a virologie patří v současné době k nejvíce využívaným a zároveň nejbouřlivěji se rozvíjejícím oblastem biologie a biomedicíny, s čímž souvisí i vysoká společenská poptávka po absolventech těchto oborů. Ti jsou žádaní nejen v akademické sféře, ale zejména ve vývoji nových biotechnologií (potravinářský a farmaceutický průmysl, zemědělství), v oblasti molekulární medicíny, forenzních laboratořích, ale i v dalších resortech. Absolvent programu je připraven uplatnit se především ve vědeckých i pedagogických pozicích na domácích i zahraničních vysokých školách, vědeckých ústavech zabývajících se základním i aplikovaným výzkumem, ve výzkumně-technologických centrech. V neakademické sféře najde uplatnění např. ve specializovaných klinických, diagnostických a forenzních laboratořích a v laboratořích farmaceutického a potravinářského průmyslu, v ochraně životního prostředí či ve šlechtitelství.

Instituce a hlavní školitelská pracoviště, podílející se na uskutečňování programu

Program je společně akreditován na čtyřech fakultách UK (Přírodovědecká fakulta, 1. lékařská fakulta, 2. lékařská fakulta a 3. lékařská fakulta) a osmi ústavech AV ČR (Ústav molekulární genetiky, Mikrobiologický ústav, Biotechnologický ústav, Ústav organické chemie a biochemie, Ústav experimentální medicíny, Fyziologický ústav, Ústav živočišné fyziologie a genetiky a Ústav experimentální botaniky).

Kromě uvedených fakult a institucí se na uskutečňování programu podílejí i školitelé z dalších pracovišť z oblasti biomedicíny a molekulární biologie a genetiky, mezi něž patří např. Ústav hematologie a krevní transfúze, Institut klinické a experimentální medicíny, Endokrinologický ústav, Revmatologický ústav či Státní zdravotní ústav aj.

Podrobnější informace o pracovištích hlavních školitelů programu najdete zde. Na téže stránce najdete i odkazy na aktuálně nabízené doktorandské (případně i postdoktorandské) pozice a témata dizertačních prací vypsaná v SIS; je však možné (a doporučené) v případě zájmu o problematiku, na níž není přímo vypsaná aktuální nabídka, kontaktovat včas (před termínem, kdy je deadline pro vypisování témat, tj. do konce prosince kalendářního roku předcházejícího kalendářnímu roku, ve kterém by se uchazeč hlásil do DSP) vedoucího příslušného školitelského pracoviště a domluvit se individuálně (aby vedoucí mohl včas vypsat téma v SIS a oborová rada mohla téma projednat a schválit).

Požadavky na školitele/konzultanty a jejich povinnosti

Úlohou školitele je vést doktoranda po odborné stránce, doporučovat mu (zejména zpočátku) odbornou literaturu relevantní k jeho projektu, učit doktoranda pohybovat se v odborné společnosti a vystupovat na veřejnosti při prezentaci výsledků vědecké práce, učit ho předávat poznatky dalším studentům, pomáhat mu s navazováním odborných kontaktů doma i v zahraničí, učit doktoranda získávat finanční zdroje na zabezpečení jeho projektů, zajistit (spolu se školícím pracovištěm) provozní a technické zabezpečení pro řešení doktorského projektu. Jeho povinností je průběžně sledovat plnění studijních povinností doktoranda a pravidelně s ním konzultovat průběh a výsledky doktorského projektu (včetně umožnění a dohledu nad plněním publikačních požadavků stanovených oborovou radou). Musí spolu s doktorandem sestavit jeho individuální studijní plán (ISP) a pravidelně (jednou ročně) a zodpovědně hodnotit v modulu SIS plnění tohoto plánu a předložit toto hodnocení oborové radě ke schválení (článek 4 Opatření rektora 19/2018 ve znění Opatření rektora 5/2020).

Školitelem doktorandů může být akademický nebo vědecký pracovník v oborech, které program pokrývá. Měl by být zárukou kvalitního a řádného vedení studenta a disponovat dostatkem časového prostoru pro školení doktoranda. Je jmenován a odvoláván děkanem fakulty na návrh oborové rady. V případě školitelů, kteří nejsou docenty nebo profesory a dosud v programu MBBGV na příslušné fakultě žádného doktoranda neškolili, podléhá jejich schválení oborové radě programu a vědecké radě příslušné fakulty (článek 14 Opatření rektora 13/2019 ve znění opatření rektora 22/2022; toto schválení musí podle pravidel probíhat separátně pro každý doktorský studijní program a každou fakultu, tj. i když už je příslušná osoba schválena jako školitel pro jiný DSP na téže fakultě nebo na jiné fakultě téhož DSP, v němž nyní žádá o školitelství, musí vždy podat novou žádost!). Oborová rada DSP MBBGV vzhledem k šíři vědeckých oblastí, v nichž doktorandi pracují a studují, vzhledem k odlišným publikačním zvyklostem s tím spojeným a vzhledem k částečně odlišnému charakteru práce na lékařských fakultách, PřF UK, ústavech AV ČR a dalších školitelských pracovištích, nemá stanoveny striktní jednotné požadavky, které musí žadatel o školitelství splňovat, každý žadatel je posuzován individuálně. Přihlíží se nicméně zejména k celkovým odborným kvalitám žadatele, k dosavadní publikační aktivitě (s důrazem na publikace, kde je žadatel o školitelství hlavním autorem, a s důrazem na jejich recentnost), k dosavadním zkušenostem se školitelstvím studentů, k možnostem finančního zabezpečení nabízených doktorských projektů, a samozřejmě k tomu, zda nabízené projekty tématicky patří do DSP MBBGV.

Žadatel o školitelství musí tedy zaslat garantce programu (která materiály předá k posouzení oborové radě):

• povinné: odborný životopis (kromě obvyklých údajů je nutné uvést i celkové dosavadní zkušenosti se školením bakalářských, magisterských či doktorských studentů v jakémkoliv programu a na jakékoliv VŠ. Dále musí být uvedena úspěšná grantová aktivita alespoň v posledních 5 letech, a to s uvedením názvu grantu, poskytovatele, doby trvání a role žadatele v příslušném projektu - hlavní řešitel, spoluřešitel, spolupracovník, externí pracovník na smlouvu ...)
• povinné: seznam publikací (seznam musí být strukturován následovně: 1) IF publikace v posledních 5 letech (plus v roce podání žádosti o školitelství) s vyznačením těch, kde je žadatel prvním nebo korespondujícím autorem a s uvedením IF, AIS nebo kvartilu příslušného časopisu dle WoS; 2) další IF publikace s vyznačením dtto; 3) případné další publikace, které žadatel uzná za vhodné uvést (zejm. knihy, kapitoly v knihách atp.); 4) h-index a celková citovanost dle WoS bez autocitací. Pokud je žadatel o školitelství autorem/spoluautorem více než 40 IF publikací, v bodu 2 je možno vybrat jen nejdůležitější publikace, a k tomu uvést celkový počet; v bodu 1 je však nutno všechny publikace vypsat plně)
• povinné: anotace projektů, které žadatel o školitelství hodlá doktorandům nabízet (může být jeden nebo více projektů; je nutné uvést i existující nebo předpokládané zdroje finančního zabezpečení příslušného výzkumu. Doporučeno je i uvést, zda by pro příslušný projekt bylo relevantní a možné, aby školitel zajistil doktorandům zahraniční stáž; ta sice zatím není vysloveně povinnou součástí požadavků DSP MBBGV na doktorandy za předpokladu, že se tito zapojí do mezinárodní spolupráce jiným způsobem v souladu se Standardy studijních programů na UK (článek 13 Opatření rektora 13/2019 ve znění OR 22/2022), nicméně možnost absolvování smysluplné zahraniční stáže a jejího zajištění školitelským pracovištěm je vítána doktorandy i oborovou radou).
• dobrovolnou přílohou může být i motivační dopis (proč má žadatel zájem o to školit doktorandy, co jim dle svého mínění může zejména nabídnout), souhlas vedení pracoviště, atp.

V případě Přírodovědecké fakulty stačí zaslat výše uvedené e-mailem přímo garantce programu. Lékařské fakulty navíc mají další specifické požadavky na to, jak mají přislušné žádosti o školitelství vypadat, zda mají být podávány v elektronické či v tištěné podobě a co přesně (kromě výše uvedených požadavků stanovených přímo oborovou radou) má být jejich přílohou - v tomto případě se tyto žádosti podávají na oddělení, které má na dané fakultě na starosti doktorské studium. Příslušné informace lze najít na webech jednotlivých fakult (1. LF UK, 2. LF UK, 3. LF UK), případně je vhodné kontaktovat studijní referentky (1. LF UK, 2. LF UK, 3. LF UK).

Pozn.: schvalovací proces může trvat delší dobu v závislosti na datech zasedání příslušných oborových/vědeckých rad. Na PřF UK probíhá schvalování nových uchazečů o školitelství vědeckou radou fakulty pouze dvakrát ročně - jaro, podzim. Poté, co je školitel schválen a obvykle až když se skutečně stane školitelem konkrétního doktoranda/doktorandky, obdrží úřední jmenovací listinu (dříve většinou ne, ani o tom není vyrozuměn. Je nicméně možné se po cca 3 měsících od podání žádosti s dotazem, zda schválení proběhlo v pořádku, obrátit na garantku DSP).

V případě konzultantů je situace do jisté míry podobná. Konzultantem by měl být specialista v určité oblasti, kterou nedokáže dostatečným způsobem po odborné či technické stránce zajistit pracoviště školitele; zpravidla by to neměl být člověk ze stejného pracoviště jako školitel - viz článek 5 Opatření rektora 19/2018 ve znění Opatření rektora 5/2020). Navrhnout přiřazení konzultanta k určitému studentovi musí vždy jeho školitel a pro tyto žádosti platí stejná pravidla jako pro žádosti o školitelství, neposílá se však anotace projektu a naopak se uvede, u kterého konkrétního studenta by měl dotyčný vědecký pracovník být konzultantem a z jakého důvodu.

Pokud by školitel zásadním způsobem neplnil své povinnosti či porušoval ve vztahu k doktorandům Etický kodex UK, doktorand kontaktuje garantku programu (a zároveň i příslušného fakultního koordinátora DSP, viz níže), která rozhodne o dalším vhodném postupu v závislosti na konkrétním problému a situaci. Stejně tak se obrátí na garantku programu školitel, pokud by došlo k opačné situaci. V případě, že ohledně příslušného problému existuje písemná či e-mailová komunikace mezi školitelem a doktorandem, je doporučeno ji předložit.

Garant, oborová rada a fakultní koordinátoři

Garantka programu a předsedkyně oborové rady: doc. RNDr. Dana Holá, Ph.D.

Oborová rada: aktuální složení oborové rady najdete zde. Oborová rada Molekulární a buněčné biologie, genetiky a virologie je součástí Koordinační skupiny DSP Přírodní vědy a koordinační skupiny DSP Biomedicína. 

Koordinátoři programu pro jednotlivé zúčastněné fakulty:

Přijímací řízení

Uchazeči o přijetí do programu se hlásí ke konkrétním tématům; je tedy NEZBYTNÉ, aby se před podáním přihlášky k přijímacímu řízení domluvili s příslušným školitelem na tom, že budou moci v příslušné laboratoři na projektu pracovat. Témata navíc musejí být schválena oborovou radou a jejich vypisování a schvalování se řídí časovým harmonogramem, který stanovují jednotlivé fakulty. Témata vypsaná pro příslušný akademický rok jsou k dispozici na webových stránkách fakulty určeným uchazečům, nebo přímo ve Studijním informačním systému UK. Doporučuje se, aby budoucí školitel byl přítomen i na přijímacím pohovoru (lékařské fakulty přítomnost školitele vysloveně vyžadují). Rovněž se vyžaduje, aby uchazeči jako přílohu k přihlášce předložili dostatečně výstižnou anotaci svého budoucího doktorského projektu (v níž uvedou předběžný název projektu, školitele a jeho pracoviště, popíšou téma projektu a uvedou jeho možný vědecký přínos), a dále (jako součást anotace nebo jako další přílohu, záleží na fakultě) písemný souhlas školitele (spolu s uvedením zdrojů financování) - viz obecné pokyny pro přijímací řízení na jednotlivých fakultách DSP (PřF UK, 1. LF UK, 2. LF UK, 3. LF UK). Doktorský projekt přitom jednoznačně MUSÍ mít badatelský charakter, tedy musí jít o vědecko-výzkumnou činnost, která přispěje k rozvoji příslušného vědeckého oboru (zavedení nových metod/technik do laboratoře nebo pouhá charakterizace nějakého souboru vzorků bez hlubšího smyslu rozhodně není akceptovatelné jako doktorský projekt a takové projekty nebudou oborovou radou schváleny!).

Oficiální přijímací řízení se koná jednou (v případě PřF UK a 1.LF UK dvakrát) ročně, přihlášky je nutné podat vždy do konce dubna (v případě druhého přijímacího řízení na PřF UK a 1. LF UK obvykle v průběhu prosince), vlastní přijímací řízení probíhá na konci června (v případě druhého přijímacího řízení na PřF UK a 1. LF UK obvykle v lednu či začátkem února). Aktuální podmínky přijímacího řízení, konkrétní termíny a informace o tom, jaké dokumenty a jakou formou je třeba předložit, jsou každoročně vyvěšovány na webových stránkách UK a příslušných fakult (PřF UK, 1. LF UK, 2. LF UK, 3. LF UK).

Přijímací řízení probíhá ústní formou. Součástí přijímacího pohovoru je stručné vystoupení uchazeče v angličtině, během kterého uchazeč pohovoří o svém budoucím doktorském projektu, případně alespoň rámcové představě o tom, čemu by se chtěl během doktorského studia věnovat. Toto vystoupení musí být spatra, bez předpřipravené prezentace. Otázky komise budou na toto vystoupení navazovat a obvykle alespoň částečně s jeho tématem souviset. Komise je může klást v angličtině, uchazeč by na ně měl pokud možno odpovídat rovněž anglicky. Otázky komise ale mohou směřovat i do obecnějších oblastí molekulární nebo buněčné biologie, genetiky či virologie. Důležitá je zejména schopnost uchazeče o věcech přemýšlet a uvažovat nad tím, jak by např. mohl být nějaký vědecký problém řešen, s jakými problémy by se přitom mohl setkat atp.

Některé spolupracující instituce (ústavy AV ČR) kromě toho pořádají jakési vlastní "předkolo" přijímacího řízení (obvykle v lednu či únoru) - příslušné informace lze vždy nalézt na webových stránkách těchto institucí.

Úspěšní uchazeči o přijetí se před začátkem příslušného akademického roku (obvykle na konci září; v případě druhého přijímacího řízení na PřF UK a 1. LF UK obvykle v únoru) oficiálně zapisují do 1. ročníku doktorského studia. Informace k tomu, jak, kdy a kde tyto zápisy probíhají a jaké dokumenty je při tom třeba předložit, najdete na webových stránkách příslušných fakult (PřF UK, 1. LF UK, 2. LF UK, 3. LF UK), případně kontaktujte referentky pro doktorské studium (viz níže).

Doktorandská stipendia a doktorský příjem

Všichni doktorandi dostávají po zahájení studia (v případě, že studují v prezenční formě studia) pravidelný měsíční doktorský příjem, a to v průběhu standardní doby studia (tj. čtyři roky). Tento příjem však není vyplácen při přerušení studia ani v případech, kdy doktorand již v předchozích letech neúspěšně nějaký doktorský program studoval (viz Stipendijní řád UK). Konkrétní výše doktorského příjmu je (počínaje akademickým rokem 2025/2026) stanovena zákonem. Pokud je součástí doktorského příjmu stipendium, děkan fakulty může na návrh oborové rady jeho výši snížit v případě, že by doktorand bez řádného zdůvodnění nesplnil povinnosti svého individuálního studijního plánu.

Doktorandi mohou získat v souladu se Stipendijním řádem UK a vnitřními předpisy příslušné fakulty i specifická stipendia (např. na podporu studia v zahraničí, na podporu ubytování, v případě tíživé sociální situace, za vynikající tvůrčí (zejména publikační) výsledky nebo na výzkumnou, vývojovou a inovační činnost atp.). Mohou být rovněž navrženi na některou z každoročně vypisovaných cen. Podrobnější informace o tomto aspektu doktorského studia najdete na webových stránkách jednotlivých fakult (PřF UK, 1. LF UK, 2. LF UK, 3. LF UK), případně kontaktujte příslušné referentky pro doktorské studium (viz níže). Doktorandi se mohou rovněž stát (a obvykle se skutečně stávají) zaměstnanci svého školitelského pracoviště v souladu s platnými právními předpisy; tato možnost, jakož i výše úvazku a výše mzdy plně závisí na rozhodnutí zodpovědných orgánů příslušného pracoviště (informujte se přímo u svého školitele).

Studijní požadavky a individuální studijní plán (ISP)

Příprava a pravidelné roční hodnocení ISP

Individiduální studijní plán (ISP) musí vždy být připraven a plněn tak, aby byl v souladu s požadavky oborové rady (viz níže). Na stránkách studijního oddělení PřF UK najdete detailní, každoročně aktualizované návody k technické stránce toho, jak ISP připravit a jak provádět roční hodnocení (podle tohoto návodu mohou obvykle postupovat i studenti lékařských fakult s tím, že specifické informace týkající se pouze PřF UK si transformují podle potřeby; další návody týkající se ISP lze nalézt na webech příslušných fakult - viz níže)

Doporučení garantky programu týkající se obsahové stránky ISP jak při jeho přípravě, tak při jeho každoročním hodnocení najdete zde:

• Příprava ISP
• Pravidelné roční hodnocení ISP

Studijní povinnosti

Absolvování odborných předmětů / kurzů

Vzhledem k velké variabilitě výzkumných témat realizovaných v rámci programu oborová rada striktně nepředepisuje specifické předměty/kurzy, které musí být absolvovány, doktorand je vybírá a uvádí do svého individuálního studijního plánu po dohodě se školitelem a v závislosti na svých odborných potřebách. Doktorandi nicméně musí absolvovat alespoň jeden odborný předmět/kurz z nabídky PřF UK nebo lékařských fakult UK (včetně předmětů zajišťovaných spolupracujícími institucemi) s vazbou k tématu doktorské dizertační práce (je samozřejmě možné si zapsat a absolvovat odborných předmětů/kurzů více, podle potřeby a zájmu doktoranda a doporučení školitele). Musí se však jednat o skutečně odborný předmět/kurz (tzv. soft-skills předměty/kurzy nejsou v tomto případě jako požadovaná studijní povinnost akceptovány, i když si je doktorand samozřejmě může také zapsat a absolvovat, uzná-li za vhodné).

Seznam předmětů/kurzů, které by mohly být pro doktorandy programu Molekulární a buněčná biologie, genetika a virologie zajímavé a užitečné (jedná se o předměty, které si naši doktorandi nejčastěji zapisují, nebo které by pro ně mohly být po odborné/metodické stránce přínosné), najdete zde. Oborová rada doporučuje zejména přednáškový kurz Pokroky v molekulární biologii a genetice (MPGS0034, pro 1. LF UK B90041), každoročně pořádaný Ústavem molekulární genetiky AV ČR. Uvedený seznam však v žádném případě není kompletní, neustále se vyvíjí a doktorand si při přípravě ISP může vybrat a zapsat jakýkoliv předmět, který pro něj bude během doktorského studia užitečný. Aktuální nabídku dalších zajímavých kurzů najdete i na stránkách DSP Biomedicína, případně v rámci Platformy doktorského studia UK.

Kromě výše uvedené povinnosti absolvování alespoň jednoho odborného předmětu/kurzu, stanovené přímo oborovou radou DSP Molekulární a buněčná biologie, genetika a virologie, mohou být další konkrétní studijní povinnosti stanoveny vnitřními předpisy fakulty, na které je doktorand zapsán, a jejich splnění může být pro doktorandy této fakulty povinné, pokud je tak v těchto předpisech explicitně uvedeno. Toto se týká studentů lékařských fakult, kteří musejí splnit na základě platných opatření děkanů příslušných fakult následující striktně předepsané povinnosti (některé i v konkrétním ročníku studia), byť je naše oborová rada přímo nepožaduje (jednotlivé fakulty mají právo po svých studentech toto vyžadovat):

Viz opatření děkana 1. LF UK 17/2022, opatření děkana 2. LF UK 1/2023 a směrnice děkana 3. LF UK 2022/02. Pokud studenti 3. LF UK v 1. ročníku nesplní požadované tři povinnosti, mohou dvě z nich nahradit absolvováním dlouhodobé zahraniční stáže či aktivní prezentací svých výsledků na vědecké konferenci, ale jejich školitel to podle pravidel musí konzultovat s proděkanem pro doktorské studium, jinak je povinen jim při výročním hodnocení ISP navrhnout hodnocení C a tudíž ukončení studia - viz směrnice děkana 3. LF UK 2022/02

Účast na odborných konferencích

Oborová rada vyžaduje, aby se doktorandi aktivně (tj. formou vlastní přednášky či plakátového sdělení) účastnili odborných národních a zejména mezinárodních konferencí, na nichž získají důležité a velmi užitečné zkušenosti pro další vědecko-výzkumnou činnost. Taková aktivní účast alespoň na jedné národní/mezinárodní konferenci je povinnou součástí ISP a doktorand ji musí prokázat (doložením kopie potvrzení o aktivní účasti na konferenci + abstraktu formou přílohy vložené do SIS při příslušném výročním hodnocení ISP). Doktorandi by se také měli účastnit různých typů pravidelných doktorandských konferencí pořádaných fakultou/školícím pracovištěm; účast na konferenci tohoto typu může být další povinnou součástí individuálního studijního plánu, pokud to vyžadují vnitřní předpisy fakulty/školícího pracoviště (viz tabulka výše; může být povinné i pro studenty, jejichž školitelským pracovištěm je některý z ústavů AV ČR, na němž se takové pravidelné výroční konference doktorandů pořádají). Tyto "interní" konference se však jako splnění výše uvedené povinností nezapočítávají.

Účast na přípravě grantových projektů

Oborová rada doporučuje aktivní zapojení doktorandů do přípravy grantových projektů školícího pracoviště. Velmi doporučena je rovněž snaha o přípravu a podání vlastního projektu doktoranda v rámci každoročních grantových soutěží Univerzity Karlovy (GA UK).

Zapojení do mezinárodní spolupráce

Doktorandi by pokud možno měli v průběhu studia absolvovat odbornou stáž v zahraničí (celková délka alespoň 1 měsíc). O jejím zařazení do individuálního studijního plánu rozhoduje především školitel a její realizace závisí na možnostech daného školícího pracoviště. Pokud stáž nelze zajistit, doktorandi se zapojují do mezinárodní spolupráce jiným způsobem v souladu se Standardy studijních programů na UK (článek 13 Opatření rektora 13/2019 ve znění OR 22/2022).

Informace o různých programech umožňujících financování zahraniční mobility, aktuálních nabídkách zahraničních studijních pobytů, stáží atd. najdete na stránkách Univerzity Karlovy a jednotlivých fakult (PřF UK, 1. LF UK, 2. LF UK, 3. LF UK); pro další informace kontaktujte administrativní zaměstnance příslušných oddělení jednotlivých fakult.

DŮLEŽITÉ! Všechny stáže aj. zahraniční studijní pobyty delší než 7 dní musejí být evidovány v SIS a v ISP s příslušnou evidencí posléze spárovány! Informace a/nebo návody k tomu (na většině fakult si to studenti evidují sami přímo v SIS, na jiných se stáže hlásí příslušnému administrativnímu oddělení, které evidenci zajistí) najdete na webových stránkách příslušných fakult (PřF UK, 2.LF UK, 3.LF UK).

Tvůrčí a publikační činnost

Hlavním požadavkem na tvůrčí činnost je samostatné provedení vlastní, originální a kvalitní vědecké práce, jejímž výstupem musí být alespoň jedna původní vědecká publikace týkající se tématu dizertační práce a publikovaná v průběhu doktorského studia. Musí se přitom jednat o publikační výstup typu „původní článek“ a doktorand musí být jeho prvním autorem a musí mít na jeho vzniku významný podíl (konkretizován jak přímo v publikaci, pokud to příslušný časopis umožňuje, tak v dizertační práci; doktorand se musí významně podílet nejen experimentálně, ale přímo i na sepsání příslušné publikace a měl by se aktivně zapojit do všeho, co souvisí s recenzním řízením). Tento povinný publikační výstup musí být v některém z časopisů s recenzním řízením indexovaném v databázích obecně uznávaných mezinárodní vědeckou komunitou (Web of Science, tzv. impaktované časopisy).

U dosud nezveřejněných publikací je třeba doložit potvrzení, že rukopis byl odborným časopisem již přijat ke zveřejnění.

Sdílené prvoautorství je možné uznat jako prvoautorství, je však nejprve třeba souhlasu garantky programu. Rozhodně není žádoucí, aby stejná publikace se sdíleným prvoautorstvím byla hlavním podkladem dvou různých dizertačních prací!

Případové studie na jednotkách pacientů (Case reports, kazuistiky) jsou přijatelné jako prvoautorský článek pouze v případech, že mají zásadní vědecký přínos. Jde např. o popis nového genu v patogenezi onemocnění, nový biologický mechanismus objasňující funkci genu, nový způsob léčby či způsob diagnostiky. V tomto případě by součástí článku měly být funkční experimenty. Nelze akceptovat Case report s pouhým klinickým popisem příznaků a fenotypu pacienta. V případě pochybností o vhodnosti tohoto typu článku kontaktujte přislušného koordinátora DSP na fakultě, na které studujete (viz výše).

Videopublikace nejsou akceptovány (nejsou-li zároveň doprovázeny plnohodnotným textem).

Doktorand samozřejmě může být spoluautorem dalších vědeckých publikací, ať už vycházejících přímo z jeho doktorského projektu, nebo z jiných projektů pracoviště (oborová rada vítá aktivní zapojení doktorandů do různých vědeckých spoluprací). Do dizertační práce však smějí být začleňovány (a částečně nahrazovat některé její části, viz níže) pouze publikace přímo související s doktorandovým projektem a vzniklé v době doktorského studia.

Případné další požadavky na publikační činnost doktorandů v souvislosti s individuálním studijním plánem mohou být stanoveny vnitřními předpisy příslušné fakulty (např. pro studenty 3. LF UK, viz tabulka výše).

Doktorandi studující na 1.LF UK MUSEJÍ mít dizertační práci podloženou nejméně dvěma publikacemi (z toho nejméně jedna musí být výše uvedeného typu požadovaného oborovou radou), protože Pravidla pro organizaci studia na 1.LF UK toto explicitně předepisují. U doktorandů DSP Molekulární a buněčná biologie, genetika a virologie studujících na ostatních třech fakultách tohoto programu však stačí dodržení výše uvedeného požadavku na jednu prvoautorskou IF publikaci.

Předpisy týkající se univerzitní/fakultní afiliace na publikacích a jejího správného znění v češtině i angličtině lze nalézt v v příloze k Opatření rektora 40/2021 ve znění opatření rektora 26/2023, oficiální anglické názvy fakult v článku 5 přílohy 1 Statutu Univerzity Karlovy. Je nutné se v tomto směru řídit rovněž vždy vnitřními předpisy příslušné fakulty. Univerzitní a fakultní afiliace se musí uvádět, pokud je doktorand autorem publikace, ve které je uvedena podpora z grantu GA UK, jehož je řešitelem či spoluřešitelem (nebo z jiných univerzitních projektů, které to vyžadují; jinak by taková publikace nebyla uznána pro splnění grantu). Všechny publikace s univerzitní/fakultní afiliací musí být rovněž evidovány v databázi OBD (viz článek 11 Opatření rektora 40/2021 ve znění opatření rektora 26/2023). Další informace k těmto aspektům publikační činnosti případně podá garantka programu.

Každý doktorand by rovněž měl mít zaveden tzv. personální vědecké identifikátory, tj. 1) ORCID; 2) Researcher ID/Publons ID pro Web of Science a případně 3) Scopus ID (viz článek 5 Opatření rektora 40/2021 ve znění opatření rektora 26/2023).

Státní doktorská zkouška (SDZ) a obhajoba dizertační práce

Státní doktorské zkoušky a obhajoby dizertačních prací jsou organizovány nikoliv individuálně, ale třikrát ročně během pravidelných čtrnáctidenních období (obvykle začátkem února, koncem června a v průběhu září). Konkrétní období konání státních doktorských zkoušek a obhajob, stejně jako období, během kterého je možné podat přihlášku, jsou pro příslušný akademický rok vždy v dostatečném předstihu zveřejněny a tyto informace mají vždy k dispozici na začátku příslušného akademického roku i fakultní koordinátoři a referentky na studijních odděleních příslušných fakult (termíny pro následující akademický rok jsou zveřejňovány vždy v průběhu září předchozího akademického roku).

Období konání SDZ a obhajob dizertačních prací - akademický rok 2024/2025:

Státní doktorská zkouška

Následující text se týká studentů, kteří zahájili studium před 1.3.2025. Studenti, kteří studium zahájili později, již státní doktorskou zkoušku nevykonávají, nicméně musejí splnit povinný předmět, jehož podstatou je rozprava o dizertačním projektu a pokroku při jeho řešení (konkrétní informace budou přidány, až dojde k definitivnímu upřesnění ze strany UK, potažmo jednotlivých fakult).

Doktorand se musí k SDZ přihlásit nejpozději ve třetím ročníku svého studia, v případě neúspěchu musí být druhý pokus o složení SDZ učiněn nejpozději během následujícího akademického roku. Přihláška k SDZ se na rozdíl od bakalářského a magisterského studia nepodává rovnou v SIS, ale je nutno na studijní oddělení příslušné fakulty odevzdat vytištěný, vyplněný a podepsaný formulář přihlášky spolu s dalšími dokumenty, které fakulta požaduje (odkazy na webové stránky, kde tyto formuláře najdete, viz níže). Studenti 1. LF UK se musí podle fakultních pravidel k SDZ nejen přihlásit, ale také ji splnit do konce třetího ročníku studia - viz opatření děkana 1. LF 16/2022.

Státní doktorská zkouška probíhá ústní formou a je přizpůsobena konkrétní výzkumné tématice doktoranda. Skládá se ze dvou okruhů, tyto okruhy závisejí na zaměření doktorské disertační práce. Doktorandi musí během zkoušky prokázat především detailní a aktuální znalosti v tématech přímo souvisejících s problematikou doktorské práce (první okruh zkoušky), a to včetně přesahových témat a znalostí principů, možností a omezení metodických přístupů, které s jejich výzkumem souvisí. Zejména v případech, kdy komise není se znalostmi doktorandů v tomto prvním okruhu zkoušky spokojena, musí doktorandi dále prokázat i dobrý všeobecný teoretický přehled v molekulární biologii, buněčné biologii, genetice nebo virologii (druhý okruh zkoušky, doktorand volí jeden z těchto čtyř oborů) na současné úrovni poznání. Očekává se, že doktorandi v průběhu zkoušky jednoznačně potvrdí schopnost postihnout podstatu problému, dokáží jej zařadit do širších souvislostí a prokáží schopnost tvůrčího uvažování.

Podrobnější informace o průběhu SDZ a požadavcích pro doktorandy spojených s touto zkouškou a přihlášením se k ní najdete zde.

Dizertační práce a její obhajoba

Dizertační práce je završením a hlavním výstupem celého doktorského studia. Musí se jednat o původní autorský text umožňující posoudit, zda má uchazeč předpoklady pro samostatnou vědeckou práci v příslušném oboru. Doktorand by v práci měl být schopen uceleně postihnout řešený vědecký problém v adekvátní šíři a formulovat samostatné názory a otázky vyplývající z výsledků jeho doktorského projektu.

Před podáním dizertační práce k obhajobě musí doktorand 1) splnit všechny studijní povinnosti závazně uvedené v individuálním studijním plánu (tím jsou míněny předměty s kódem v SIS a aktivní účast nejméně na jedné národní/mezinárodní konferenci, viz výše), 2) úspěšně vykonat státní doktorskou zkoušku (studenti zahájivší studium před 1.3.2025) a 3) být autorem alespoň jedné prvoautorské původní vědecké publikace týkající se tématu dizertační práce a publikované v průběhu doktorského studia (viz Požadavky na tvůrčí a publikační činnost). Seznam publikací, které jsou podkladem dizertační práce (může být pouze jedna, může jich být i více) musí doktorand před podáním přihlášky k obhajobě zaslat e-mailem příslušnému fakultnímu koordinátorovi, který touto formou zkontroluje, zda byly požadavky na publikační činnost, stanovené oborovou radou, skutečně splněny (splnění ostatních požadavků před obhajobou dizertační práce je kontrolováno na příslušném administrativním oddělení).

Na PřF UK se student k obhajobě přihlašuje tak, že vloží práci, její případné přílohy (pozor na správný formát!), abstrakty v češtině a angličtině a životopis přímo do SIS, nechá to projít příslušnými kontrolami v SIS a potvrdí odevzdání. Příslušná referentka na studijním oddělení tímto dostává vyrozumění o odevzdání práce, zkontroluje, že student splnil všechny povinnosti (pouze splnění publikačních požadavků kontroluje přímo garantka programu předtím, než student práci do SIS vůbec vloží, viz předchozí odstavec) a odevzdání práce v SIS definitivně potvrdí. V tomto okamžiku je student závazně přihlášen k obhajobě.

Na lékařských fakultách UK se přihláška k obhajobě dizertační práce nepodává rovnou v SIS, ale je nutno na administrativní oddělení příslušné fakulty, které má na starosti doktorské studium, odevzdat vytištěný, vyplněný a podepsaný formulář přihlášky spolu s dalšími dokumenty, které fakulta požaduje (odkazy na webové stránky, kde tyto formuláře najdete, viz níže).

Podrobnější informace o možné podobě dizertační práce a průběhu obhajoby najdete zde.

Před obhajobou je kvalita dizertační práce (po vědecké, obsahové i formální stránce) posouzena dvěma oponenty (v případě potřeby může být počet oponentů i větší - např. při studiu formou co-tutelle nebo při opakované obhajobě, kdy první pokus proběhl neúspěšně). Oponentem nesmí být kterýkoliv z autorů publikace předkládané jako součást dizertační práce a samozřejmě ani pracovník přímo z výzkumné skupiny školitele. Návrhy na oponenty většinou podávají příslušnému fakultnímu koordinátorovi / předsedovi komise přímo školitelé; tyto návrhy mohou, ale nemusejí být přijaty.

V případě neúspěšné obhajoby dizertační práce komise určí, zda je nutné/možné práci přepracovat či doplnit a specifikuje konkrétní požadavky. V takovém případě se student nesmí k druhému pokusu o obhajobu přihlásit dříve než za 6 měsíců od prvního pokusu.

Recentně obhájené dizertační práce najdete v Digitálním repozitáři UK (napište do pole Hledat slovní spojení "Molekulární a buněčná biologie, genetika a virologie" a seřaďte podle data publikování sestupně).

Odkazy na webové stránky jednotlivých fakult, týkající se doktorského studia