Doktorské studium

Doktorský studijní program (DSP) Biochemie

Studenti doktorského studijního programu Biochemie na katedře biochemie PřF UK jsou školeni ve všech směrech a specializacích oboru biochemie jako je bioenergetika, enzymologie, molekulární biologie, chemie a struktura proteinů, imunochemie, xenobiochemie (biochemie cizorodých látek) a v chemických a buněčných základech metabolických dějů. Školení studentů se odehrává většinou formou účasti na řešení grantových projektů, a to zejména na katedře biochemie PřF UK, ale též na společných a spolupracujících pracovištích nacházejících se ve výzkumných ústavech Akademie věd ČR i v resortních, podnikových a také zahraničních výzkumných laboratořích. Absolvent doktorského studijního programu Biochemie by měl mít široké teoretické i praktické znalosti z biochemie a molekulární biologie, měl by být schopen samostatné vědecko-výzkumné práce a ve svém oboru by měl být schopen produkovat a prezentovat vědecké výsledky na mezinárodní úrovni.

Oblasti výzkumu na pracovišti

Viz vědecko-výzkumná činnost na katedře biochemie PřF UK

Hlavní body průběhu studia DSP Biochemie:

• přijímací řízení
• tvorba individuálního studijního plánu (ISP) a jeho plnění v průběhu studia
• stáže/pedagogické činnosti na katedře
• vědecko-výzkumná činnost
• státní doktorská zkouška z biochemie
• tvorba a obhajoba doktorské disertační práce

V rámci přijímacího řízení probíhá pohovor, který má dvě části zohledňující jak odbornou tak jazykovou úroveň uchazeče: i. krátké představení a diskuse k plánovanému projektu disertační práce v anglickém jazyce (nepovinnou přílohou přihlášky ke studiu je stručná anotace plánovaného doktorského projektu, ke které se vztahuje bonifikace), ii. prokázání znalostí obecné biochemie v rozsahu magisterského studia.

Studium je realizováno ve čtyřleté standardní době studia a probíhá na základě individuálního studijního plánu (ISP) sestaveného studentem po dohodě se školitelem, a schváleného předsedou oborové rady (OR) DSP biochemie (viz složení OR uvedené níže). Plnění studijního plánu je každoročně hodnoceno studentem, školitelem, a předsedou OR s použitím internetového databázového systému. V průběhu studia musí student vykonat minimálně dvě zkoušky z předmětů biochemického nebo biomedicinského zaměření přednášených na PřF UK (viz seznam některých volitelných přednášek v SIS). Ty jsou stanovené v ISP individuálně s ohledem na zaměření disertační práce a předchozí studium. Zvolené přednášky musí být odlišné od přednášek absolvovaných v předchozím studiu. Kromě toho může student po poradě se svým školitelem navrhnout do ISP krátké kurzy pořádané v ČR nebo v zahraničí, absolvování stáží na domácích a zahraničních pracovištích, aktivní účast na mezinárodních či domácích odborných setkáních a konferencích (k podpoře stáží slouží mj. Fond Mobility UK). Studenti se též zúčastňují výuky na katedře biochemie PřF UK, a to zejména formou pedagogického dozoru v praktických cvičeních organizovaných katedrou. Během studia studenti pravidelně informují formou ústní presentace o dosažených výsledcích na semináři pořádaném katedrou. Před přihlášením ke státní doktorské zkoušce musí student vykonat minimálně dvě odborné zkoušky, získat jazykový certifikát z anglického jazyka (např. FCE-grade B nebo adekvátní či vyšší) (nejsou zajišťovány OR).

Státní doktorská zkouška se skládá ze tří předmětů: biochemie, užší oblast biochemie (např. Enzymologie, Proteiny, Lipidy, Nukleové kyseliny, Molekulární biologie, Klinická biochemie, atd.), specializovanější podoblast biochemie (váže se k tématu disertační práce, může tematicky korespondovat s výběrovou přednáškou z ISP, je navrhován po dohodě se školitelem a garantem studia).

Výsledky disertační práce musí být publikovány minimálně ve třech původních recenzovaných článcích v mezinárodních impaktovaných časopisech biochemického zaměření, alespoň na jedné publikaci musí být uchazeč prvním autorem (viz požadavky na zpracování disertačních prací). Všechny publikace, na kterých je disertační práce postavena, mají mít jasnou příslušnost (afiliaci) studenta ke katedře biochemie PřF UK. Pokud student participuje na projektu SVV (projekt Specifického vysokoškolského výzkumu na UK) je v poděkování v publikacích tento projekt uveden. Veškeré studijní povinnosti musí být splněny v řádné formě studia do 4 let po zahájení studia, po tuto dobu pobírá student stipendium. Pokud není možné do 4 let tyto povinnosti vykonat, může student přejít do kombinované formy studia. Maximální celková délka studia je pak 9 let (od zápisu do obhajoby). Po překročení této doby dochází k anulování všech vykonaných studijních povinností, a student se musí znovu přihlásit k přijímacímu řízení.

Shrnutí hlavních požadavků pro úspěšné završení DSP Biochemie:

• splnit minimálně dvě zkoušky z předmětů biochemického nebo biomedicinského zaměření (např. přednášených na PřF UK seznam některých volitelných přednášek v SIS)
• složit mezinárodně uznávanou zkoušku z anglického jazyka (certifikát FCE grade B nebo adekvátní či vyšší), splnění této povinnosti je předpokladem k tomu aby se student mohl přihlásit ke státní doktorské zkoušce
• složit státní doktorskou zkoušku z biochemie
• zúčastnit se stáže/pedagogické činnosti na katedře
• obhájit svou doktorskou disertační práci založenou na publikaci minimálně 3 původních odborných článků v mezinárodních časopisech s IF (z toho jeden prvoautorský)

Soubor těchto požadavků je uveden na stránkách fakulty a je třeba ho zohlednit při sestavování individuálního studijního plánu a následných každoročních hodnocení.

Požadavky oborové rady na formální zpracování disertační práce

Student se může rozhodnout mezi dvěma formami disertační práce – úplnou a zkrácenou.

1) klasická úplná forma disertace
- disertační práce je členěna a formálně zpracována podobně jako diplomové práce vypracovávané na katedře biochemie (doporučené členění práce: titulní strana, obsah, abstrakty, úvod s přehledem literatury k zadanému tématu, cíle práce, materiál a metody, výsledky, diskuse, souhrn, závěry, seznam použité literatury). Minimálně 3 publikované články jsou pak součástí přílohy (nemusí být v oficiální archivační verzi formátu PDF).

2) zkrácená forma disertace
- se skládá z monotematického souboru minimálně 3 publikací opatřeného komentářem, který zahrnuje: podrobnější úvod s definicí cílů práce, shrnutí vlastních výsledků všech publikací a jejich diskusi z pohledu dostupných informací v literatuře, závěry a shrnutí.

Jsou-li součástí disertační práce publikace, které mají více autorů, nebo je-li v ní využito výsledků dosažených prací studenta ve vědeckém týmu, musí být v práci uvedeno také prohlášení podepsané školitelem, ve kterém je upřesněn podíl studenta na výsledcích. Pokud není prohlášení součástí práce, dodá jej student jako samostatný dokument při odevzdání práce na studijním oddělení.

Text odevzdané disertační práce musí být v identické podobě nahrán do SIS v oficiální archivační verzi formátu PDF (PDF/A-1a nebo PDF/A-2u dle ISO 19005-1:2005 nebo ISO 19005-2:2011) dle OR č. 72/2017. Další důležité informace lze získat v Metodickém pokynu pro studenty a školitele: Odevzdávání disertačních prací k obhajobě.

Požadavky oborové rady na formální stránku obhajoby disertační práce

Student se může rozhodnout mezi obhajobou v českém, slovenském nebo anglickém jazyce. Obhajoba je veřejná a doba vymezená pro přednášení obhajoby je max. 20 minut. Při obhajobách je možné používat datový projektor s notebookem a laserové ukazovátko. Po přednesení tezí obhajoby následuje seznámení s posudky oponentů a odpovědi na jejich dotazy, diskuse jak členů komise, tak veřejnosti. Posudek školitele není vyžadován.

Předpisy, opatření (či jejich aktualizované varianty), požadavky a informace pro DSP:

• Opatření děkana č. 02/2019 k programu STARS na podporu talentovaných doktorských studentů
• Opatření děkana č. 13/2023 Pravidla pro evidenci, odevzdávání a zveřejňování závěrečných prací na PřF UK
• Opatření děkana č. 07/2023 k přiznávání a vyplácení stipendií na Přírodovědecké fakultě UK
• Opatření děkana č. 02/2018 k tvorbě publikací a evidenci výsledků vědy, výzkumu, inovací a další tvůrčí činnosti

Složení oborové rady pro doktorský studijní program Biochemie