Nabízíme fragmentační analýzu různých typů fluorescenčně značených fragmentů DNA, které jste sami připravili (analýza mikrosatelitů, RFLP - Restriction Fragment Length Polymorphism, AFLP - Amplified Fragment Length polymorphism,  MLPA - Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification a další aplikace).

Fragmenty značené jednou nebo více barvičkami jsou analyzovány na genetickém analyzátoru se šestnácti kapilárami (3130xl Genetic Analyzer, Applied Biosystems), který je umístěn ve Viničné 7.

Přístroj má nastaveny spektrální kalibrace s těmito standardy:

  • DS-30 (6FAM™, HEX, NED™, ROX™) pro červený standard ROX400 a ROX500
  • DS-33 (6FAM™, VIC®, NED™, PET®, LIZ®) pro oranžový standard LIZ500,LIZ600,LIZ1000
  • DS-02 (dR110, dR6G, dTAMRA™, dROX™, LIZ®) pro oranžový standard LIZ120 pro SNaPshoty

Příprava vzorků:

Vzorky přijímáme již připravené k analýze a zdenaturované.

Vzorky (0,5 μl) namíchejte do formamidu (9 -9,5 μl), přidejte vlastní standard (0,25 - 0,5 μl). Postupujte podle technik zavedených ve vaší laboratoři. Dodržujte minimální objem 10 μl v destičce resp. 10,5 μl ve stripu. Vnitřní standardy (ROX a LIZ) nedodáváme.

Vzorky dodávejte ve stripech nebo v optickém platíčku. Analýza běží na 16ti-kapiláře, snažte se proto, aby počet vzorků byl pokud možno násobkem šestnácti. Optická platíčka se speciálními víčky a formamid můžete dostat předem v naší laboratoři.

Vzorky nechávejte ve Viničné 7 na chodbě ve 2. suterénu v malé ledničce v mrazákové poličce. Vzorky se zpracovávají prakticky každý den.                                                               

Vyplňte Průvodku pro fragmentační analýzu a zašlete ji na adresu seqlab@natur.cuni.cz, v případě potíží s odesíláním na adresu hrda@natur.cuni.cz. Papírové průvodky nemusíte se vzorky posílat. Průvodka se částečně sama vyplňuje  - pokud ne, stáhněte si ji znovu.                     

Soubor, předmět E-mailu a sáček se vzorky pojmenujte stejně zkratkou a datem ve tvaru JJPDDMMRR-FR. Např. 6. 9. 2024 – Ford Harrison, bude označení HAF060924-FR.    

Jednotlivé zkumavky označujte zkratkou a pořadovým číslem z průvodky. Doporučujeme používat stripy, při větším počtu vzorků destičky, které vám rádi připravíme. Číslujte logicky.

Prosíme dodržujte: 1 vzorek = 1 zkumavka/jamka = 1 řádek v průvodce = 1 analýza.

Cena jedné analýzy: pro UK - 33 Kč, pro ostatní akademická pracoviště - 39 Kč, pro soukromé subjekty - 40 Kč.