Seznam hlavních metod používaných v naší laboratoři.

Práce s rostlinným materiálem

  • Modelové organismy
    • Buněčné linie tabáku (Nicotiana tabacum) BY-2
    • Arabidopsis thaliana
    • Solanum tuberosum
    • Masožravé rostliny
  • Metody
    • pěstování a udržování rostlin/buněčných kultur
    • tvorba protoplatů
    • transformace pomocí agrobacteria (floral-dip, infiltrace listů, kokultivace s buněčnou linií)
    • transformace pomocí PEG (Polyethylene glycol)
    • Hybridizace špirlic, láčkovek, tučnic, sexování láčkovek

Práce s bakteriemi

  • kultivace E. coli a A. thumefacience
  • transformace (elektroporace, heat-shock)

Molekulárně biologické metody

  • klonování: klasické či GoldenGate/GoldenBraid klonovací systémy
  • izolace DNA/RNA, PCR, RT-qPCR, elektroforéza,...
  • příprava knihovny pro Next-generation sequencing (NGS), Sanger-sequencing
    • analýza dat
  • blotování (Western, Northern, Southern)
  • Koimunoprecipitace spojená s hmotnostní spektrometrií (Co-IP + MS/MS)
  • Chromatinové imunoprecipitace (ChIP)
  • Stanovení enzymatické aktivity
  • Analýzy malých RNA (sRNA), transkriptomů (RNA-seq), celogenomového sekvenování (WGS) -> zpracování Next-generation sequencing (NGS) dat

CRISPR/Cas metody

  • identifikace cílových míst, navrhování sgRNA

Fluorescenční mikroskopie

  • práce s “běžným” fluorescenčním mikroskopem
  • práce s konfokálním mikroskopem

Cytometrie

  • protoplastů
  • jader

Počítačové metody

  • práce s daty -> Excel, Python, Bash
  • práce s DNA/RNA/proteiny in situ -> Geneious
  • práce s obrazovými daty -> ImageJ
  • práce s cytometrickými daty -> FlowJo
  • práce s daty z CRISPR mutageneze -> Geneious, CRISPResso2, Python
  • online nástroje -> NCBI, TAIR

Zavádíme

  • SunTag metody (zavádíme)
  • Modifikace pomocí Bridge metody (plánujeme, vyšla v roce 2024)