Na této stránce naleznete zatím pouze velmi kusé informace o historii katedry (v různých historických dobách pod různými jmény). 

Katedru ekologie založil v roce 2004 prof. Vojtěch Jarošík (1958–2013), jeden z nejvýznamnějších českých ekologů svojí generace, a do roku 2011 stál v jejím čele. Od původního odborného zaměření, kterým byla entomologie, se postupně vypracoval v obecného ekologa s mimořádným rozhledem. Výraznou stopu zanechal ve výzkumu biologických invazí (byl členem Oddělení ekologie invazí Botanického ústavu AV ČR, kde dlouhodobě spolupracoval s týmem Petra Pyška) a proslul také jako vynikající statistik s originálními přístupy k analýze nestandardních dat. Podílel se na řešení významných  mezinárodních grantů Evropských rámcových programů (DAISIE, ALARM). Publikoval přes 100 prací v impaktovaných časopisech, řadu z nich ve špičkových časopisech (PNAS, Nature, Trends in Ecology and Evolution), a mnoho let se objevoval na seznamu nejcitovanějších ekologů světa vydávaném Web of Science. Vychoval řadu studentů a jeho pedagogický odkaz je od předčasného skonu v roce 2013 uchováván v podobě Ceny Vojtěcha Jarošíka, udělované každoročně za nejlepší studentskou práci v oboru ekologie napříč českými pracovišti.

Katedra navazuje na činnost hydrobiologického oddělení katedry parazitologie a hydrobiologie, po vzniku nové katedry se však její působnost rozšířila na nejrůznější aspekty ekologického výzkumu v suchozemských i vodních ekosystémech.

Nejvýznamnější osobnosti, které na katedře v minulosti působily:

doc. Jaroslav Hrbáček (1921 - 2010) je zakladatelem moderní hydrobiologie u nás. V 60. letech 20. století vznikly jeho celosvětově citované publikace o klíčovém vlivu rybí predace na fungování ekosystémů stojatých vod.

doc. Jan Lellák (1926 – 1993) se věnoval studiu fauny dna – bentosu

prof. emeritus Vladimír Kořínek (1934 - 2019) se dlouhodobě věnoval výzkumu ekologie zooplanktonu a taxonomií perlooček.

Doc. Jaroslav Hrbáček na konferenci Československé limnologické společnosti ve Smolenici (1961).

Tradiční hyrobiologická exkurze studentů 3. a 4. ročníku na rybník Starý Pálenec u Blatné (v pozadí hráz rybníka Velký Pálenec).

Ekurze pořádaná pro Československou limnologickou společnost do Polabí (1983). Na snímku rozverná osobnost doc. Lelláka.

Doc. Oliva ve východočeské  tůni Poltruba, dějišti mnoha hydrobiologických výzkumů (1974).