Katedra ekologie se zabývá ekologií v původním slova smyslu, tedy tak, jak ji definoval roku 1866 Ernst Haeckel, a jak ji - sice s různým důrazem na různé aspekty - definují i jeho následovníci, a jak ekologii chápe i současná světová věda

"Ekologie je věda zabývající se vztahy mezi organismy a jejich prostředím".

Katedra ekologie se tedy nezabývá ekologií v tom slova smyslu, jak ji chápe vinou medií (nejen) česká neodborná veřejnost, kde se nálepky "ekologie" a "ekologické" používají téměř výhradně na problematiku ochrany životního prostředí (nyní se objevuje nový termín kopírující anglosaské pojmosloví - environmentalistika). Ta z podstaty věci již implikuje (mimo odbornou debatu) často subjektivní hodnotící hledisko (dobré x špatné). Problematikou ochrany životního prostředí se u nás na fakultě zabývá zejména Ústav pro životní prostředí.

Ekologie je integrovaným oborem, který zkoumá vztahy mezi jedinci, populacemi a společenstvy nezávisle na systematickém členění disciplín. Katedra ekologie poskytuje studentům systematické ekologické vzdělání napříč celými ekosystémy, a to jak vodními, tak i terestrickými. Integrace studia suchozemských a vodních ekosystémů současně umožňuje klást mnohem větší důraz, a to ve výuce i výzkumu, na širší teoretické zázemí ekologie a na její praktické aplikace.

Katedra je garantem systematického studia ekologie v magisterském a doktorském stupni a integračním prvkem studia organismální biologie, a to s jasně vymezenou náplní jako biologickým oborem. Rozvíjí výzkumnou činnost na všech třech hlavních úrovních ekologického bádání - jedinců a populací, ekologie společenstev a ekologie ekosystémů.

Celkově se dá činnost naší katedry shrnout jako:

  • výuka základních ekologických předmětů v bakalářském studiu biologických oborů zajištění výuky navazujícího magisterského oboru Ekologie včetně školení diplomantů
  • výchova studentů v doktorském programu Ekologie
  • vědecko-výzkumná činnost zaměřená jak na funkční a evoluční ekologii modelových organismů různých taxonomických a ekologických skupin (perloočky, ptáci, gekoni, halančíci, kryofilní řasy, invazní cévnaté rostliny, škůdci kulturních rostlin aj.), tak na studium biogeografických a ekologických podmínek druhové pestrosti organismů
  • rozsáhlá mezinárodní vědecká spolupráce, především s pracovišti v EU a US