Výzkum je zaměřen na populační dynamiku (odezva populací na antropogenní změny prostředí, fungování systémů dravec-kořist a rostlina-opylovač), druhovou diverzitu (taxonomická, fylogenetická a funkční diverzita v různých biotopech od nedotčených pralesů po centra měst), diverzitu biotopů, změny ve využívání krajiny a potravní i behaviorální ekologii (trofické vztahy ve společenstvech, izotopové niky, vliv různých podmínek na chování organismů). Výsledky nacházejí uplatnění v identifikaci ohrožených druhů a biotopů, optimalizaci managementu chráněných území a péče o chráněné druhy či adaptaci na dopady klimatických změn. Jako hlavní modelové skupiny slouží terestrické orchideje, mšice, afidofágní hmyz, sladkovodní i hlubokomořské ryby, ptáci a velcí savci.
Ekologie a ochrana ptáků
- Demografické parametry ptačích populací a dlouhodobé trendy početnosti v lesním, zemědělském, urbánním a mokřadním prostředí; efektivita ochrany ptáků v různých biotopech; vliv klimatických změn na ptačí společenstva; migrace ptáků; ptačí dutiny jako specifický ekosystém.
- Tým:
Teoretická ekologie, populační dynamika
- Reakce populací a rozšíření druhů na změny prostředí, systémy predátor-kořist a rostlina-opylovač, diverzita stanovišť (panenské deštné pralesy až centra měst). Ochrana ohrožených druhů a biotopů, management chráněných území při změnách klimatu a využití území.
- Modelové taxony: orchideje, mšice, aphidofágní hmyz, sněžný levhart.
- Tým:
prof. RNDr. Pavel Kindlmann, DrSc.
Management chráněných území, krajinná ekologie
- Management chráněných území – monitoring a hodnocení efektivity prováděných opatření (např. management lesů po napadení kůrovci nebo revitalizaci rašelinišť); divočina; biotopová diverzita na gradientu podmínek prostředí a měnících se způsobů obhospodařování krajiny (land use); populační ekologie vybraných druhů (např. vzácných nebo nově se šířících).
- Tým:
Biologie a ekologie ryb a rybožravých predátorů
- Chování a ekologie ryb v jezerech a nádržích. Chování a potravní ekologie rybožravých predátorů, především ledňáčka říčního, vydry říční, kormorána velkého a největší sladkovodní ryby Evropy, invazního druhu, sumce velkého.
- Tým:
RNDr. Jaroslava Frouzová, Ph.D.
Ekologie ryb
- Vliv antropogenních faktorů na společenstva ryb v tocích; struktura potravních sítí v říčních a mořských ekosystémech; trofické interakce mezi invazními druhy ryb a původními společenstvy; etologie ryb se zaměřením na druh Gnathonemus petersii.
- Tým: