Částečná endoreduplikace genomu

Částečná endoreduplikace genomu

Toto téma je primárně studováno týmem Dr. Pavla Trávníčka z Botanického ústavu AVČR v Průhonicích, se kterým úzce spolupracujeme. Během diferenciace rostlinných buněk dochází u řady druhů rostlin k duplikacím DNA bez dalšího buněčného dělení. Tento proces se nazývá endoreduplikace a dochází tím k nárůstu ploidie individuálních buněk, tedy k zdvojování obsahu celé DNA. Pouze u některých orchidejí však může být pro účel endoreduplikace vybrána jen část genomu, která se zdvojuje. Zjistili jsme, že velikost této části je druhově specifická a že ta část genomu, které se při endoreduplikaci nereplikuje, obsahuje převážně repetitivně elementy. Rádi bychom tomuto jedinečnému fenoménu porozuměli hlouběji a studujeme jeho evoluční souvislosti. V poslední době se v tomto směru zaměřujeme především na subtribus Pleurothallidinae.

Příklady publikací:

Ponert J., Trávnícek P., Chumová Z. (2023): Phylogenetic placement of Specklinia ordinata in Madisonia (Pleurothallidinae, Orchidaceae). Phytotaxa 585: 161–166.

Trávníček P., Chumová Z., Záveská E., Hanzlíčková J., Kupková (Jankolová) L., Kučera J., Štubňová E.G., Rejlová L., Mandáková T., Ponert J. (2021): Integrative Study of Genotypic and Phenotypic Diversity in the Eurasian Orchid Genus Neotinea. Frontiers in Plant Sciences 12: 2268.

Chumová Z., Záveská E., Hloušková P., Ponert J., Schmidt P.-A., Čertner M., Mandáková T., Trávníček P. (2021): Repeat proliferation and partial endoreplication jointly shape the patterns of genome size evolution in orchids. The Plant Journal 107: 511–524.

Trávníček P., Čertner M., Ponert J., Chumová Z., Jersáková J., Suda J. (2019): Diversity in genome size and GC content shows adaptive potential in orchids and is closely linked to partial endoreplication, plant life-history traits and climatic conditions. New Phytologist 224: 1642–1656.