Doktorské studium

Rozcestník:

 

Obecné informace

Obecké informace týkající se doktorského studia naleznete na webu fakulty.

Aktuální složení oborové rady (OR) doktorského studijního programu EBR je uvedeno v SIS.

 

Principy studia

Klíčovou povinností studentů studijního programu (SP) doktorského studia Experimentální biologie rostlin (EBR), který je od akademického roku 2020/2021 nástupcem SP Anatomie a fyziologie rostlin (AFR), je aktivní vědecká činnost v problematice disertační práce a prohlubování odborných znalostí biologie rostlin. Primárním cílem doktorského studia je osvojit si metody vědecké práce a myšlení tak, aby byl absolvent schopen samostatně vytyčit a řešit vědecký problém, kriticky posoudit dosažené výsledky a zpracovat je pro zveřejnění v mezinárodně uznávaných odborných časopisech.

Oborová rada EBR (dále OR) stanoví pravidla studia a dohlíží na průběh studia a hodnotí jej. Zde najdete aktuální složení Oborové rady EBR.

Doktorské studium programu EBR je akreditováno společně pro PřF UK a Ústav experimentální botaniky AV ČR.

 

Přihláška a přijímací zkouška

Máte-li zájem o studium experimentální biologie rostlin (EBR), vyberte si oblast výzkumu, jež je prováděna na katedře experimentální biologie rostlin PřF UK či spolupracujících ústavech (především ÚEB AVČR, BÚ AVČR a VÚRV), kontaktujte potenciálního školitele a domluvte se s ním na konkrétním tématu práce a možnostech finančního krytí navrhovaného výzkumu prováděného v rámci PGS (včetně institucionálních zdrojů). Nabídku některých neobsazených témat prací naleznete v SIS, téma však často vytváří školitel až po diskuzi se studentem “na míru”. Přihlášku do doktorského studia v jarním termínu je nutné odevzdat do 30. dubna. Pokud je vyhlášen druhý přijímací termín, je třeba sledovat termíny zveřejněné na webu PřF UK.

Informace pro nové potenciální školitele:
Zájemci o školení v rámci oboru experimentální biologie rostlin na PřF UK, kteří dosud u oborové rady EBR (či předchozí OR Anatomie a fyziologie rostlin) školitelem nebyli, kontaktují předsedu OR EBR (prof. Jana Albrechtová, albrecht@natur.cuni.cz). Nové školitele schvaluje OR a Vědecká rada Biologické sekce - ke schválení je třeba předložit CV včetně grantové, publikační a výukové činnosti. Řešená problematika musí zapadat do širšího oboru experimentální biologie rostlin a je třeba, aby bylo ze strany školitele garantováno finanční krytí plánovaného výzkumu (z projektových či institucionálních prostředků) a optimálně bylo též možné studentovi přispět na stipendium či jej doplňkově zaměstnat.

Přijímací zkouška (Doporučení OR EBR):

  • Aktuální podmínky přijímacího řízení zde.
  • Student se musí povinně účastnit přijímací zkoušky, pokud mu není odpuštěna (po schválení je možné zkoušku vykonat i distanční formou).
  • Principy hodnocení výkonu u přijímací zkoušky:
    • Uchazeč musí být schopen kritického biologického myšlení, musí umět formulovat relevantní otázky a hypotézy, a kriticky hodnotit výsledky. Uchazeč zároveň musí projevit vysokou motivovanost k vědecké práci, dostatečnou orientaci v oboru a znalost angličtiny.
    • Přijímací zkouška se skládá ze dvou částí:
      1) Nejprve uchazeč představí v anglickém jazyce (bez technické podpory) svou dosavadní výzkumnou činnost včetně klíčových výstupů a zasazení práce do širšího kontextu. Uchazeč rámcově představí předvybrané téma disertace, včetně informace o možnostech financování výzkumu (celkem 5-10 min.).
      2) V druhé navazující části přijímací zkoušky proběhne diskuse nad představenými tématy a komise položí uchazeči několik otázek, aby zhodnotila širší orientaciuchazeče v oboru rostlinné biologie.

 

Průběh studia

Uchazeč se stává studentem doktorského studia dnem zápisu na fakultu.

OR Experimentální biologie rostlin (EBR) zavedla tzv. zpravodajský systém, jehož cílem je napomoci zdárnému průběhu studia. Na počátku studia OR přidělí studentovi dva ze svých členů jako zpravodaje. Zpravodajové jsou studentovi na začátku studia představeni a sledují stav řešení disertační práce od jeho přijetí ke studiu. Alespoň jednou ročně osobně či pomocí prostředků komunikace na dálku konzultují se studentem postup jeho práce, jeho spolupráce v týmu, a diskutují možnosti zdárného dokončení práce a její obhajoby. Zpětnou vazbu od zpravodajů student zahrnuje do textu svého pravidelného ročního hodnocení studia.

Zpravodaj je osobně či distančně (telekonferencí) přítomen na prezentacích studenta v průběhu studia. Zprostředkuje externí (tj. mimotýmový) pohled na řešení disertační práce a může tak pomoci zkvalitnit práci a studium studentů svými návrhy a připomínkami. Nemá právo zasahovat do záměrů řešení práce školitelského týmu a studenta, v případě vzájemného zájmu však může být i konzultantem. Při ročním hodnocení sleduje ISP studenta a navrhuje OR roční hodnocení studenta.         

1. ročník - na začátku studia:

Chce-li student během studia komunikovat s OR, obrátí se na své zpravodaje či na současného předsedu OR. 

Individuální studijní plán (ISP): 

Po přijetí připraví student ve spolupráci se školitelem studijní plán (viz formulář v SIS), který diskutuje s vedoucím laboratoře, kde je práce vykonávána, a předsedou oborové rady (dle Pravidel pro organizaci studia PřF UK). Plán obsahuje stručný popis zamýšlené experimentální práce a seznam plánovaných studijních povinností (nejvýše 5), které je nutné splnit před podáním přihlášky ke státní doktorské zkoušce (SDZ). Výběr přednášek a praktických kurzů je určen dohodou mezi školitelem a doktorandem s přihlédnutím k předchozímu studiu. V případě studentů, kteří získali Mgr. titul na Katedře experimentální biologie rostlin (KEBR) PřF UK či absolvovali obsahově odpovídající studium jinde, nemusí být do studijních povinností zařazovány žádné předměty, u studentů z jiných oborů se očekává rozsáhlejší studijní plán pro doplnění/sjednocení znalostí (tento plán je konzultován s předsedou OR). Formální zkouška z angličtiny není požadována. U doktorandů se však předpokládá znalost angličtiny v rozsahu potřebném pro běžnou vědeckou komunikaci, a to jak formou písemnou, tak i ústní. Znalost angličtiny student dokládá mj. při prezentacích svých výsledků, které jsou od 3. ročníku povinně přednášeny v angličtině. Součástí ISP je alespoň jedna posterová a jedna ústní prezentace v angličtině na konferenci (vč. studentských konferencí, např. pořádaných Českou společností experimentální biologie rostlin, kde si studenti volí formu prezentace).

Studijní plán je schvalován OR. Studijní plán studenta by měl být koncipován tak, aby bylo studium úspěšně ukončeno (tj. práce obhájena) do konce 4. ročníku. 

Výzkumný projekt - detailní ISP:

V průběhu 1. ročníku (v termínu stanoveném OR) student připraví ve spolupráci se školitelem podrobný písemný plán experimentální práce k odevzdání OR. Dokument má být v rozsahu cca 2 - 3 strany včetně stručného úvodu do problematiky, cílů a hypotéz, způsobu řešení (postup, metodika), citací literatury a detailního experimentálního plánu na 1. rok řešení; do délky se nezapočítává seznam citované literatury. Student konzultuje plán projektu také se svými zpravodaji. Doporučuje se členění jako návrh projektu GAUK; tento plán může být podkladem pro grantovou přihlášku GAUK a podobných. OR vítá podání grantového projektu do konce letního semestru 1. ročníku studia, případně podporuje i podání v 2. ročníku studia, kde je student hlavním řešitelem (GAUK) nebo členem řešitelského týmu s jasným vymezením podílu na řešení (GAČR a pod.).

Výzkumný projekt OR archivuje a využívá jako podklad pro hodnocení studenta především oborově blízkými členy OR včetně zpravodajů, se kterými student pravidelně konzultuje postup experimentální práce.

Prezentace výzkumného projektu – detailního ISP:

Po odevzdání výzkumného projektu - detailního ISP v 1. ročníku, student prezentuje (v termínu stanoveném OR) plán svého výzkumného projektu. Prezentace je spojená se zasedáním OR, kde student obdrží od členů OR zpětnou vazbu. Prezentace založená na odevzdaném výzkumném projektu - detailním ISP bude obsahovat zejména informace o aktuálnosti řešené problematiky, uvedení do současného stavu vědění, cíle práce a testované hypotézy a navrhovaný způsob řešení práce (metodické přístupy, alternativní řešení pro případ, že hlavní metodické přístupy selžou, atp.).

2. ročník:

Práce na výzkumném projektu, plnění studijních povinností. Složení SDZ je doporučeno od poloviny 2. ročníku dále.

3. ročník:

Student prezentuje v termínu stanoveném OR (ideálně začátkem ročníku) postup řešení výzkumného projektu a dosavadního studia a diskutuje s OR další vývoj projektu.

4. ročník a vyšší:

Na začátku 4. roku studia (a příp. každého dalšího roku) prezentují studenti výsledky své dosavadní práce formou prezentace, ve které budou informovat o výsledcích své práce se zvláštním důrazem na uskutečněný či plánovaný způsob jejich publikace a včasné a zdárné ukončení doktorského studia. Prezentace musí obsahovat též odhad termínu sepsání a podání doktorské disertační práce. Prezentaci ve formě pdf student odevzdá pro potřeby OR. OR apeluje na ukončení studia a podání disertační práce k obhajobě do konce 4. ročníku PGS.

Roční hodnocení studenta

Na konci každého ročníku (tj. v září, termín dle výzvy zaslané správcem SIS) student doplní informace o svém studiu PGS během uplynulého akademického roku do SIS a je hodnocen svým školitelem v SIS. Do ročního hodnocení musí student doplnit informaci o proběhlé schůzce s oběma zpravodaji. Návrh školitele je jedním z podkladů pro hodnocení prováděné OR (hodnocení školitele a OR se nemusí nutně shodovat). Interní zpravodajové připravují návrh hodnocení studenta Oborovou radou, hodnocení má vystihovat práci a výsledky studenta (nikoli talent). Oborová rada pak projedná roční hodnocení studenta a předseda OR závěrem sjednotí hodnocení OR do jednotné formy. Dle usnesení OR jsou důvodem pro hodnocení sníženým stupněm (B či C) mimo jiné tyto skutečnosti:

  • Pokud státní doktorská zkouška není složena do konce 4. ročníku PGS.
  • Pokud do konce čtvrtého ročníku PGS není do recenzovaného časopisu s IF přijat rukopis, v němž je student jedním z autorů.
  • U studentů 4. a vyšších ročníků při splnění publikační činnosti může být nepodání disertační práce k obhajobě rovněž důvodem pro roční hodnocení stupněm „B“ pokud není vážných důvodů, které by to znemožňovaly (závažnost důvodů posuzuje OR při hodnocení).


Souhrn požadavků kladených na studenty doktorského studia EBR na PřF UK:

  • Doktorské studium je především samostatné studium studenta pod vedením školitele, v němž hraje prvořadou roli výzkum zakončený prezentací výsledků vědecké obci a sepsáním doktorské disertační práce.
  • Součástí doktorského programu je účast na specializovaných přednáškách a seminářích doktorandů.
  • V průběhu doktorského studia musí student svou práci prezentovat minimálně jednou přednáškou na mezinárodním vědeckém setkání v angličtině a minimálně jedním plakátovým sdělením.
  • Student by měl absolvovat v průběhu studia alespoň jednu zahraniční stáž. OR podporuje účast studenta na mezinárodní spolupráci.
  • Nutnou podmínkou získání titulu PhD je publikační činnost, viz podmínky a typy disertační práce. Aktuální požadavky OR na publikační činnost doktorandů jsou uvedeny níže, v kap. 4 (Doktorská disertační práce). 
  • Součástí prezenční formy studia je účast na vědeckém a pedagogickém dění na katedře. Pedagogická činnost především v rámci vedení praktických cvičení zajišťovaných KEBR PřF UK je vítána a žádoucí v rozumné míře, nikoli však povinná. Studenti se na případném zapojení do výuky domlouvají s vedoucím katedry nebo garanty praktických cvičení. 
  • V průběhu studia student několikrát prezentuje členům OR a katedry EBR PřF UK postup vědeckého projektu. Pravidelné prezentace jsou obvykle začátkem 1. ročníku (obvykle leden-březen) a na začátku 3., 4. a každého dalšího ročníku (listopad). Prezentovat svůj postup na zasedání OR mohou i studenti na základě jejich vlastní žádosti, pokud chtějí konzultovat své výsledky s OR.
  • Úspěšné složení státní doktorské zkoušky do konce 4. ročníku studia.
  • Příprava a úspěšná obhajoba disertační práce, pokud možno do konce 4. ročníku studia.

 

Státní doktorská zkouška (SDZ)

Státní doktorská zkouška má být vykonána nejdéle do konce 4. ročníku PGS. Podmínkou pro konání státní doktorské zkoušky je absolvování studijních povinností podle individuálního studijního plánu. Během státní doktorské zkoušky student prokazuje orientaci v oboru a expertní zaměření v rámci tématu disertační práce.

Tématické okruhy pro SDZ jsou: 

Cílem zkoušky z povinných předmětů je zjistit obecný rozhled v širších teoretických základech oboru – tedy orientaci (bez podrobností, s důrazem na pochopení a propojování znalostí) v tématice, která k oboru sice patří, ale tématu disertace je spíše vzdálená. V případě, že je disertace zaměřena na fyziologickou, anatomickou či ekofyziologickou tématiku, bude očekávána hlubší znalost Anatomie a fyziologie rostlin. V případě pokud je disertace věnována buněčné či molekulární problematice, bude očekávána detailnější znalost v předmětu Buněčná a molekulární biologie rostlin. 

Volitelné předměty (zpravidla ze seznamu předmětů vyučovaných na PřF) schvaluje OR na základě návrhu studenta (konzultovaného se školitelem). Doporučuje se, aby student volbu volitelných předmětů nejdříve zkonzultoval s předsedou OR před podáním přihlášky k SDZ. Volitelné předměty svým zaměřením odpovídají specializaci tématu disertační práce. Požadavkem pro splnění jsou hlubší znalosti daného okruhu a schopnost jejich interpretace v širších souvislostech. Obsah kladených otázek však zohledňuje zaměření studenta a v tématech blízkých náplni jeho disertační práce se od studenta očekávají detailní a aktuální, tj. expertní znalosti, které mohou přesahovat rámec vyučovaných předmětů. 

Nedostaví-li se student ze závažných důvodů ke státní doktorské zkoušce v termínu, na který je přihlášen, omluví písemně svou neúčast bezprostředně poté, co se dozvěděl o jejím důvodu. O řádnosti omluvy rozhoduje děkan.  Omlouvání z termínu SDZ nebo obhajoby se řídí pravidly pro organizaci studia na PřF UK – omlouvání z termínu. Pokud se zkouška nemůže konat z vážných důvodů (např. onemocnění studenta, komise není usnášení schopná), navrhne předseda komise po dohodě se studentem nejbližší možný náhradní termín zkoušky.

Státní doktorskou zkoušku může student konat nejvýše dvakrát, tj. má právo na jeden opravný termín. Nevykoná-li student státní doktorskou zkoušku ani v opravném termínu, nesplnil požadavek stanovený Studijním a zkušebním řádem UK a studium mu bude ukončeno.

 

Disertační práce (DDP)

Požadavky oborové rady na publikační činnost doktorandů a doporučení ohledně struktury předkládané disertační práce k obhajobě v rámci oboru anatomie a fyziologie rostlin PřF UK v Praze:

DDP může být sepsána ve dvou formách; klasické a zkrácené. Podmínkou pro obhájení disertační práce je doložitelná publikační aktivita studenta. Požadavky na publikační činnost závisí na zvolené formě práce:

  1. Disertační práce v klasické formě uceleného rukopisu (nebo vědecké monografie) musí být doložena alespoň jednou publikovanou nebo do tisku přijatou původní vědeckou prací, zpravidla v časopisu s IF, se vztahem k tématu disertace, kde je student zpravidla prvním autorem. V takovém případě členové OR oborově blízcí tématu dizertace, členové komise pro obhajobu a oponenti práce posoudí, zda práce obsahuje dostatečné množství vhodně navržených a kvalitně technicky provedených experimentů a relevantní diskusi získaných výsledků.
  2. Zkrácená forma disertační práce je souborem alespoň tří vědeckých prací, který je doplněn průvodním komentářem včetně důkladné shrnující diskuse výsledků v kontextu dosavadních poznatků a vymezení otevřených problémů pro budoucí výzkum.
    • Za vědecké práce jsou považovány články v časopisech s IF nebo kapitoly v monografiích související s tématem doktorského projektu. Tyto publikace musejí být vyšlé nebo přijaté do tisku, na minimálně dvou z nich musí být doktorand prvním autorem a alespoň dvě z těchto publikací jsou původní vědecké práce. Alespoň jedna původní práce, kde je student prvním autorem, musí být publikována v časopise s IF ≥ 1,5 (přibližně medián oboru). V případě významné publikace s IF ≥ 4 (přibližně horní decil oboru), kde je doktorand prvním autorem, je možné mít publikace celkem jen 2 vyšlé nebo přijaté a třetí či další ve formě manuskriptu připraveného pro podání.

Termíny:

  • Před odevzdáním disertační práce musí být vykonána SDZ.
  • Obhajoba by měla proběhnout do konce 4. ročníku PGS.
  • Pro studenty, kteří studují ve čtyřletém studiu, platí, že maximální délka studia je 4+5 let, tedy 9 let (dle nového Studijního řádu UK, platného od února 2011).
  • Obhajoba může proběhnout do konce září 9. roku studia, jinak je studium administrativně ukončeno.
  • Termíny obhajoby po odevzdání disertační práce dané OR EBR: 
    • pro obhajobu v srpnu - září (přesný termín nelze garantovat) platí odevzdání do 30. 5.
    • pro obhajobu v září - říjnu (přesný termín nelze garantovat) platí odevzdání do 30. 6.
    • pro obhajobu v říjnu - listopadu (přesný termín nelze garantovat) platí odevzdání do 30. 7.

OR žádá studenty, aby s předstihem 1 - 2 měsíců informovali vedení OR o zamýšleném termínu odevzdání DDP. Nejbližší termín obhajoby bude pak stanoven podle časových možností členů komise a oponentů.

Pro objasnění termínů odevzdání práce dle Pravidel pro organizaci studia na PřF UK:

  1. Předseda komise po projednání s oponenty a ve spolupráci se Studijním oddělením zajistí zaslání práce oponentům do 4 týdnů od zahájení řízení.
  2. Oponent vypracuje posudek do 4 týdnů po jeho doručení.
  3. Předseda komise navrhne termín nejpozději 4 týdny před konáním obhajoby.
  4. Nejméně dva týdny před obhajobou se rozešlou oponentské posudky členům komise.


Odevzdání DDP: 

  • Informace o obhajobách DDP, formálních požadavcích na práci, titulní stranu apod.
  • Formulář přihlášky k obhajobě.
  • Informace o konání obhajob doktorských disertačních prací (SIS).
  • Jsou-li součástí disertační práce publikace, které mají více autorů, nebo je-li v ní využito výsledků dosažených prací studenta ve vědeckém týmu, musí být připojeno prohlášení, ve kterém je upřesněn podíl studenta na výsledcích. Toto prohlášení potvrdí školitel.
  • Formu disertační práce upravují Pravidla pro organizaci studia PřF UK
  • OR EBR nevyžaduje autoreferát - student odevzdává jen DPP. 

Oponenti DDP:

Oponenti jsou alespoň 2, výjimku z tohoto pravidla není možné učinit. Oponenti by měli být nezaujatí. Oponentem nemůže být stanoven školitel, konzultant nebo jeden z autorů publikace předkládané jako součást disertace. Oponent má na vypracování posudku lhůtu 4 týdny od obdržení DDP. Pokud se student/školitel s oponentem dohodne, lze počítat s kratší dobou. 

 

Obhajoba disertační práce

Obhajoba je veřejná.


I v případě obou kladných oponentských posudcích na obhajobě je očekávána účast alespoň jednoho oponenta. Výjimku z tohoto pravidla je možné udělat jen v odůvodněných případech. Pokud je jeden či více oponentských posudků negativních, musí být oba oponenti přítomni obhajobě. Výjimku z tohoto pravidla není možné učinit. Přípustná je i přítomnost oponenta prostřednictvím telekonference.

Vlastní průběh obhajoby: (PDF ke stažení)

  1. Úvodní slovo předsedy komise, představení obhajujícího doktoranda, seznámení s jeho odborným životopisem a publikační činností.
  2. Vyjádření školitele (krátké hodnocení studenta a jeho práce během studia včetně vyjádření, zda školitel doporučuje práci k obhajobě či ne. Jeho vyjádření bude zaneseno do zápisu o obhajobě. Je doporučeno dodání v písemné formě a přečtení při obhajobě. V tomto případě může být písemné vyjádření školitele dodáno do SIS k dalším souborům obhajoby.
  3. Vlastní prezentace obsahu doktorské dizertační práce doktorandem (30 - 40 min.)
  4. Čtení oponentských posudků. Dle domluvy je možné, že student hned reaguje na připomínky oponentů v průběhu čtení posudku.
  5. Vlastní obhajoba - reakce/odpovědi doktoranda na otázky a připomínky oponentů obsažených v posudcích.
  6. Obecná diskuse k dané dizertační práci. Další doplňující otázky a komentáře členů komise a dalších přítomných na obhajobě.
  7. Po ukončení diskuse – neveřejné zasedání členů komise, oponentů a školitele, hlasování členů komise o výsledku obhajoby. Pro hlasování jsou použity hlasovací lístky.
  8. Veřejné vyhlášení výsledku obhajoby.

Pokud komise stanovila klasifikaci "neprospěl/a" a určila, zda je nutné práci přepracovat nebo doplnit, musí na stejném zasedání písemnou formou specifikovat své požadavky. O těchto požadavcích se komise usnáší většinou hlasů přítomných.

V případě, že student u obhajoby DDP neuspěje v prvním, řádném termínu, má k dispozici ještě jeden opravný termín, který povoluje děkan PřF UK.

Nedostaví-li se student ze závažných důvodů k obhajobě v termínu, na který je přihlášen, omluví písemně svou neúčast bezprostředně poté, co se dozvěděl o jejím důvodu. Skutečnosti uvedené v žádosti je student povinen doložit. O řádnosti omluvy rozhoduje děkan. Záznam o omluvě nebo propadnutí termínu v SIS provede studijní oddělení.

Jestliže se obhajoba nemůže ze závažných důvodů konat ve stanoveném termínu (např. onemocnění studenta, komise není usnášeníschopná), navrhne předseda komise po dohodě se studentem a oponenty nejbližší možný náhradní termín obhajoby.

Obhajobu disertační práce může student konat nejvýše dvakrát, tj. má právo na jeden opravný termín. Neobhájí-li student disertační práci ani v opravném termínu, nesplnil požadavek stanovený Studijním a zkušebním řádem UK a studium mu bude ukončeno.

 

Ukončení studia

  • Dnem řádného ukončení doktorského studia je den, kdy byla obhájena disertační práce. Z ustanovení Studijního a zkušebního řádu vyplývá, že student musí složit státní doktorskou zkoušku i obhájit disertační práci do konce 9. roku studia (nestačí tedy v tomto termínu disertační práci jen předložit) – přesný termín si student ověří na Studijním oddělení PřF UK.
  • Nedodržení těchto termínů vede k ukončení studia pro nesplnění požadavků vyplývajících ze studijního programu. Z Pravidel pro organizaci studia vyplývá, že disertační práce musí být podána k obhajobě nejpozději 12 týdnů před uplynutím maximální doby studia devíti let.
  • Rozhodne-li se doktorand z jakéhokoli důvodu zanechat studia, je třeba, aby toto rozhodnutí písemně oznámil oddělení doktorandského studia PřF UK (adresovat příslušnému proděkanovi s kopií oborové radě - předsedovi OR).