Charakteristika programu

Vývojová a buněčná biologie se zabývá studiem morfogeneze a buněčných regulací na molekulární úrovni. Předmětem zájmu je buňka, konceptuální základ současné biologie, jakož i soubory buněk a jejich vzájemné interakce - tedy mnohobuněčný organismus a jeho ontogenetický vývoj. V rámci oboru se studuje programované využití genetické výbavy během diferenciace buněk a morfogeneze zárodku i dospělého jedince. Zkoumají se geneticky nebo epigeneticky podložené regulační děje v procesech proliferace, programované smrti, migrace, při vzájemné komunikaci, rozpoznávání a kooperaci buněk a jejich komplexů během individuálního vývoje organismu. Absolventi jsou připravováni k samostatné vědecké práci v oblastech molekulární a buněčné biologie a vývojové biologie, a to jak v základním, tak v aplikovaném výzkumu. Praktické dovednosti zahrnují metodické přístupy molekulární genetiky, biochemie, genomiky a proteomiky, buněčné biologie a vývojové morfologie.

Oborová rada Vývojové a buněčné biologie je součástí Koordinační skupiny DSP Přírodní vědy a koordinační skupiny DSP Biomedicína. 

Oborová PhD konference

Více informací o této výroční konferenci naleznete na oficiálních webových stránkách akce.

 

Podmínky studia programu platné od roku 2024/2025

Cílem čtyřletého studia je pokročilé vzdělání ve vývojové a buněčné biologii. Studenti by si měli osvojit široké znalosti z vědní oblasti, být schopni řešit svůj vědecký problém, měli by být kompetentní při provádění a plánování experimentů, být vyškoleni v psaní vědeckého textu a získat kvalifikaci, díky které by byli konkurenceschopnými kandidáty na pozice ve výzkumu, výuce a technologiích, a to v mezinárodním měřítku.

Studijní cíl 1

Student musí splnit nejméně čtyři studijní povinnosti. Při přípravě návrhu individuálního studijního plánu (ISP) ke schválení oborovou radou ve studijním informačním systému Univerzity Karlovy (SIS) by student měl do tohoto plánu zahrnout všechny čtyři studijní povinnosti. Studijní povinnosti 1-3 je potřeba splnit během prvních 3 let studia.

Studijní povinnost 1

Všichni studenti musejí absolvovat povinný kurz „Strategie grantové aplikace“. Po získání teoretických základů v několika přednáškách připraví student žádost o grant v angličtině, s využitím formulářů a pravidel Grantové agentury České republiky.

Studijní povinnosti 2 a 3

Studenti si z níže uvedeného seznamu vyberou alespoň dvě studijní povinnosti. Studenti mohou konzultovat se školiteli, které přednášky a kurzy jsou pro ně vhodné s ohledem na projekt. Předpokladem pro zařazení kurzů je, že je student neabsolvoval v předchozích nebo souběžných programech studia.

 

Přednášky:

  • MB151P104E Advances in Cell Biology
  • MB151P117E Advances in Developmental Biology
  • MPGS0034 Advances in molecular biology and genetics (Institute of Molecular Genetics of the ASCR, v. v. i.) https://pokroky.img.cas.cz/  (according to the information for thecurrent academic year)
  • MB140P82 Advances in molecular virology
  • MB151P81 Biomedical Research
  • MB150P23 Cells and tissues in vitro (*)   
  • MB151P105 Cell Biology of Cancer
  • MB150P32E Cell differentiation in ontogenesis
  • MB160P44 Computational Genomics
  • MB151P80E Cytometry
  • MB150P85 Epigenetics
  • MB151P96 Fluorescent microscopy in cell biology (*)
  • MB151P129 Methods in Genomics
  • MB140P86 Methods of functional genomics
  • MB150P89 Molecular Biology of Cancer (*)
  • MB150P79E Molecular mechanisms of apoptosis
  • MB150P84 Molecular mechanisms of cell cycle regulation
  • MB150P66 Molecular mechanisms of fertilization (*)
  • MB150P83E Model organisms in developmental biology
  • MB151P107E Protein dynamics in development and cancer
  • MB151P131 Protein engineering and Synthetic Biology
  • MB150P09 Proteins of signaling cascades
  • MB170P112 Proteomics (*)
  • MB150P10 Reproduction biology
  • MB150P91E RNA structure and function
  • MB151P139E Signaling pathways in genetic disorders
  • MB151P116 Structural bioinformatics
  • MB150P67 Structure and function of cytoskeleton (*)  

(*) označené kurzy mohou být dostupné pouze v ČJ

 

Kurzy:

 

Studijní povinnost 4

Prezentace výsledků

Konference doktorských studentů je pořádána každý rok oborovou radou a studenty dobrovolníky.  Studenti se tedy aktivně podílejí na organizaci konference. V rámci konference studenti prezentují výsledky svých projektů a diskutují metody a otázky společného zájmu. Na konferenci jsou pozváni jak členové oborové rady, tak školitelé a zahraniční vědečtí experti.

  • Studenti jsou povinni účastnit se minimálně 2krát za studium, z toho jednou v prvním ročníku, kde představí svůj projekt na vědeckém plakátu a později během studia, kdy účast doprovodí prezentováním výsledků svého projektu formou krátké přednášky. Účast na vícero konferencích je vítána.
  • Krom této povinnosti studenti v 2. a vyšším ročníku studia alespoň jednou odprezentují svůj projekt na každoročních „Poster Sessions“ pomocí vědeckého plakátu.

Doporučuje se aktivní účast na mezinárodních konferencích podle zaměření a možností školitelského týmu.

 

Studijní cíl 2

Stáže a návštěvy ve spolupracujících laboratořích

Studenti vykonávají část své výzkumné práce nebo kurzu v zahraniční instituci po dobu nejméně jednoho měsíce nebo se přímo účastní jiných forem mezinárodní spolupráce, jako je účast na mezinárodním tvůrčím projektu s výsledky publikovanými nebo prezentovanými v zahraničí. Doporučovanou formou je zahraniční vědecká stáž (celkem po dobu nejméně tří měsíců) s důrazem na pokročilé metodiky nebo nové přístupy/ modely.

 

Státní doktorská zkouška

  • Studenti mají povinnost zapsat si zkoušku nejpozději ve třetím roce studia. Doporučeným načasováním zkoušky je druhý semestr druhého roku studia nebo první semestr třetího roku. Nesplnění zkoušky do konce 3. roku studia je hodnoceno stupněm „B“ v rámci roční evaluace ISP.
  • Formát SDZk - Zkouška samotná prověřuje to, zda student rozumí projektu a testuje jeho/její orientaci ve vědní oblasti. Student dodá OR písemné shrnutí dosavadních vědeckých výsledků projektu (2 strany A4, vel. písma 11) minimálně dva týdny před konáním zkoušky, podepsaný studentem i školitelem. Součástí zkoušky je ústní prezentace doktorského projektu (15 minut), následovaná diskusí (45 minut). Komise posuzuje hloubku a šíři znalostí ve vývojové a buněčné biologii s důrazem na oblasti spojené s projektem. Účast školitele je povinná. V případě významných výhrad k průběhu studia si oborová rada vyhrazuje právo vyžádat zopakovaní evaluace projektu v definovaném časovém horizontu.
  • Tento nový formát SDZk si mohou dobrovolně vybrat také studenti, jejichž studium začalo před rokem 2024/2025. Pokud si student zvolí nový formát zkoušky, je nutné to před podáním přihlášky prodiskutovat se svým školitelem a seznámit OR se svoji intencí pomoci emailu (phd-studies-help-usergroup@natur.cuni.cz). Účast školitele je na zkoušce povinná, bez přítomnosti školitele se zkouška v novém formátu nemůže konat.

Disertační práce

Publikační předpoklady:

Uchazeč musí být autorem/spoluautorem nejméně dvou publikací přijatých v časopisech s recenzním řízením indexovaných ve WoS (optimálně s IF nad mediánem oboru), alespoň u jedné publikace musí být prvním autorem (sdílené první autorství by mělo být ex ante komunikováno s oborovou radou). Ve výjimečných a oprávněných případech může oborová rada rozhodnout jinak; příkladem takové situace může být jediná excelentní prvoautorská publikace.

Disertační práce:

Disertační práce by měla být psána jako stručná, objektivní a ucelená informace o vědeckých výsledcích studenta. Práce by měla umožnit recenzentům a komisi posoudit, zda uchazeč získal teoretické znalosti i metodické dovednosti jako předpoklad pro samostatnou vědeckou práci v oboru. Student by měl v práci postihnout vědecký problém i otevřené otázky projektu a formulovat na ně svoje nezávislé názory.

Disertační práce obsahuje:

  1. a) Abstrakt – měl by shrnout cíle a výsledky projektu pro veřejnost, obsah by neměl překročit 500 slov.
  2. b) Úvod – měl by být nastíněn jako stručný přehled současných znalostí vztahujících se k projektu. Doporučený rozsah je cca 20 stran standardního formátu rukopisu.
  3. c) Metody a výsledky – V těchto částech by měly být podrobně popsány metody a výsledky experimentů prováděných studentem, které se nestaly součástí publikovaných prací / předložených rukopisů. Publikované práce / předložené rukopisy by měly být zahrnuty jako přílohy.
  4. d) Diskuse – Tato část dává autorovi příležitost představit své nezávislé názory na výsledky a jejich význam. Měla by odrážet úroveň znalostí k datu odevzdání práce a měla by uvádět relevantní literaturu obsahující jak podporující, tak případně protichůdné výsledky. Minimální délka je 10 stran.
  5. e) Shrnutí – shrnutí hlavních výsledků. Doporučená délka je 1 strana.
  6. f) Doprovodné oddíly – seznam zkratek, seznam odkazů, případné informace o depozitářích dat nebo webových stránkách, prohlášení popisující roli žadatele v publikovaných pracích, včetně podrobného prohlášení o jeho úloze při přípravě textů publikací.
  7. g) Publikace a předložené rukopisy, které obsahují výsledky získané studentem.

Text v částech a) až e) by měl být napsán studentem a nesmí být obsažen jinde. Text nelze kopírovat, a to ani jeho část, z publikací v oddíle g) ani z jiných textů. Text může být psán v angličtině, češtině nebo slovenštině. Formátování textu, obrázků, tabulek a doprovodných údajů by mělo být v souladu s pravidly relevantního časopisu, například toho, kde byl publikován jeden z autorových článků.

Podmínky studia programu platné od roku 2019/2020
Seznam nabízených témat doktorských projektů

Na výše uvedeném odkazu najdete informace o projektech, otevíraných v rámci tohoto kola přijímacího řízení s nástupem od 1. 4. 2024. Projekty s anotacemi jsou řazeny abecedě podle příjmení školitelů. Další informace k projektům a kontakty na školitele najdete pod jejich ID v SIS.