Ústav geologie a paleontologie spravuje prvotřídně vybavené laboratoře s řadou nejmodernějších přístrojů pro kvantitativní analýzu a trojrozměrné zobrazování přírodních materiálů. Veškeré laboratorní vybavení je intenzívně využíváno pro výzkumné projekty a výuku studentů, nabízíme též možnost komerčního využití pro externí subjekty.
Laboratoř elektronové mikroskopie
Laboratoř elektronové mikroskopie je vybavena japonským skenovacím elektronovým mikroskopem JEOL JSM-6380LV, který umožňuje analýzu povrchu anorganických vzorků jako jsou fosílie, minerály nebo horniny při až 10000-násobném zvětšení s možností sledovat preparáty v nízkém i vysokém vakuu. Nízkovakuový modul je vhodný pak zejména pro studium biologických vzorků, například semen, spor nebo kutikul, ale i recentních "živých" vzorků. Laboratoř rovněž disponuje naprašovací aparaturou JEOL JFC-1200 pro pokovování vzorků zlatem.
Laboratoř magnetismu hornin
Laboratoř magnetismu hornin disponuje všemi zařízeními nezbytnými pro odběr, zpracování a měření vzorků pro studium magnetické anizotropie hornin. Vzorky jsou měřeny na nejnovějším kapamůstku KLY5 s přídavnými moduly pro měření závislosti magnetické susceptibility na teplotě a automatickým 3D rotovadlem vzorků. Tato sestava je v současné době nejpřesnější komerčně vyráběný přístroj tohoto typu na světě, který umožňuje změřit magnetickou susceptibilitu s extrémní přesností v řádu 10–8. Nově je v laboratoři k dispozici magnetometr JR-6A spolu s magnetizační a demagnetizační jednotkou LDA5 a PAM1. Nová sestava představuje nejcitlivější a nejpřesnější instrument pro měření remanentní magnetizace horninových a půdních vzorků, založený na klasických principech (ne-kvantový a ne-kryogenický). Tyto metody se v geologických vědách nejvíce využívají pro analýzu a kvantifikaci vnitřní stavby, deformace a toku geologických těles a umožňují studovat i velmi jemnozrnné horniny, u kterých by studium stavby pomocí jiných metod bylo velice obtížné.
Laboratoř experimentální tektoniky
Laboratoř experimentální tektoniky zahrnuje sofistikovaný přístroj pro analogové simulace procesů spjatých se subdukcí oceánské litosféry na konvergentních deskových rozhraních, vzniku a vývoje orogenních klínů a vzniku a vývoje subdukčních melanží. Experimentální aparatura byla zkonstruována speciálně pro tento účel ve spolupráci s Vývojovými laboratořemi Akademie věd České republiky a financována z projektu Univerzitního centra excelence UNCE/SCI/006.
Laboratoř optické mikroskopie
Laboratoř optické mikroskopie zahrnuje biologický mikroskop Olympus BX51, který umožňuje pozorovat objekty ve zvětšení od 40× do 1000× a je vybaven systémem pro Nomarského diferenciální interferenční kontrast, dále stereomikroskop Olympus SZX12 pro pozorování v dopadajícím světle se speciální digitální kamerou Olympus DP73 a optický mikroskop Nikon Eclipse 100LVPol s kamerou Canon a software NIS-Elements D verze 3.2.
Paleontologická laboratoř
Paleontologická laboratoř zahrnuje zejména plavírnu, která slouží k plavení vzorků a jejich separaci na různé velikostní frakce, chemickou laboratoř, kde se připravují vzorky metodou chemického rozpouštění (např. fosfatické fosílie z karbonátů působením kyseliny octové, a řada dalších metod). Pro vizualizaci paleontologických nálezů využíváme moderní fotolaboratoř specializovanou na fotografování mikro i makro objektů s vysokým rozlišením.
Laboratoř pro 3D geologické modelování
Ústav rovněž disponuje pokročilým software MOVE pro 3D geologické modelování, které používáme jak ve výuce tak ve výzkumu. Používáme 10 licencí MOVE včetně všech kinematických a pokročilých modulů, získaných formou daru britské firmy Petroleum Experts Limited v celkové hodnotě 1,9 miliónu britských liber.