Na katedře aplikované geoinformatiky a kartografie působí výzkumné týmy, které jsou organizovány v následujících výzkumných centrech:
EO4Landscape
Výzkumný tým laboratorní a obrazové spektroskopie
Glacier Landscape Analysis and Geohazards Monitoring with Earth Observation Team (GLAM)
Výzkumné centrum změn využití ploch (LUCC Czechia)
Výzkumný tým ActiveRS (LiDAR&SAR)
Výzkumný tým kartografie