Laboratoř vývojové biologie

V explozivně se rozvíjejícím oboru se laboratoř zaměřila na genetický a genomický přístup k embryologii u drápatky vodní (Xenopus laevis) a drápatky tropické (Xenopus tropicalis). V naší laboratoři se podařilo založit kulturu progenitorů Sertoliho buněk z varlat Xenopus tropicalis, u nichž studujeme jejich regenerační potenciál po poranění juvenilních i adultních tkání (ocas pulce a srdce dospělců). Ve spolupráci s Laboratoří imunoregulací (doc. Magdalena Krulová) se taktéž zaměřujeme na jejich imunomodulační schopnosti směrem k potlačení zánětlivé odpovědi a navození regenerativních procesů. Dále se zabýváme studiem diferenciačního potenciálu těchto kmenových buněk a schopností tvorby 3D organoidů semenotvorných kanálků in vitro. Pomocí fluorescenční in situ hybridizace (FISH) se snažíme přispět k poznání chromozomální evoluce u afrických pipovitých žab s využitím diploidního druhu Xenopus tropicalis a polyploidních druhů rodu Silurana a Xenopus. V neposlední řadě se naše skupina (ve spolupráci s Revmatologickým ústavem při 1. lékařské fakultě).

 

---

 

Adipogenní, chondrogenní a osteogenní diferenciace myších Sertoliho buněk (mSCs).

 

 

Karyotyp a tyramidová FISH chromozomů Xenopus tropicalis.

 

Mikroinjekce buněk XTSSC RFP do dorzální žíly pulce Xenopus tropicalis

 

---

Laboratoř:

Viničná 7, přízemí, č. dv. 40

Linka: 1773 (P40) , 1778 (P45), 1798 (P45)

Vedoucí skupiny:

Krylov Vladimír (Doc.Ing. RNDr., Ph.D.) - vedoucí skupiny
Kontaktní údaje: V7/P40; +420 22195 1773; vkrylov@natur.cuni.cz

Tlapáková Tereza (RNDr.,Ph.D)
Kontaktní údaje: V7/P40; +420 22195 1773; tereza.tlapakova@natur.cuni.cz

Odborný asistent:

Knytl Martin (Ing., Ph.D.) - momentálně zahraniční stáž
Kontaktní údaje: V7/P40; +420 22195 1773; martin.knytl@natur.cuni.cz

 

Doktorandi:

Fornaini Nicola Reinaldo (Dr.)
Kontaktní údaje: V7/P45; +420 22195 1798; fornainni@natur.cuni.cz

Zhao Qing (MSc.)
Kontaktní údaje: V7/P45; +420 22195 1798; qing.zhao@natur.cuni.cz

Pleváková (Hynková) Marie (Mgr.)

Kontaktní údaje: V7/P45; +420 22195 1798; marie.hynkova@natur.cuni.cz

Bergelová Barbora (Mgr.)

Kontaktní údaje: V7/P45; +420 22195 1798; barbora.bergelova@natur.cuni.cz

Magisterští studenti:

Novotná Jana (Bc.) - Email: jana.novotna@natur.cuni.cz

Bakalářští studenti:

Zuzana Elizabeth Losová

Technik:

Vávra Jiří (Ing. Mgr.) - Kontaktní údaje: V7/P40, +420 22195 1773, vavraji1@natur.cuni.cz

 

---

Publikace 2024:

Porubska B, Plevakova M, Fikarova N, Vasek D, Somova V, Sanovec O, Simonik O, Komrskova K, Krylov V, Tlapakova T, Krulova M. (2024) Therapeutic potential of Sertoli cells in vivo: alleviation of acute inflammation and improvement of sperm quality. Stem Cell Res Ther 15(1):282. doi: 10.1186/s13287-024-03897-9. IF ₂₀₂₃ = 7.1

Fornaini NR, Černohorská H, do Vale Martins L, Knytl M. (2024) Cytogenetic Analysis of the Fish Genus Carassius Indicates Divergence, Fission, and Segmental Duplication as Drivers of Tandem Repeat and Microchromosome Evolution. Genome Biol Evol 16(3):evae028. doi: 10.1093/gbe/evae028. IF ₂₀₂₃ = 3.1 

Dias S, Souza RC, Vasconcelos EV, Vasconcelos S, da Silva Oliveira AR, do Vale, Martins L, de Oliveira Bustamante F, da Costa VA, Souza G, da Costa AF, Benko-Iseppon AM, Knytl M, Brasileiro-Vidal AC. (2024) Cytomolecular diversity among Vigna Savi (Leguminosae) subgenera. Protoplasma 261(5):859-875. doi: 10.1007/s00709-024-01944-z. IF 2023 = 2.5

Kuhl H, Tan WH, Klopp C, Kleiner W, Koyun B, Ciorpac M, Feron R, Knytl M, Kloas W, Schartl M, Winkler C, Stöck M. (2024) A candidate sex determination locus in amphibians which evolved by structural variation between X- and Y-chromosomes. Nat Commun 15(1):4781. doi: 10.1038/s41467-024-49025-2. IF ₂₀₂₃ = 14.7

Vávra J, Pavelcová K, Mašínová J, Hasíková L, Bubeníková E, Urbanová A, Mančíková A, Stibůrková B. (2024) Examining the Association of Rare Allelic Variants in Urate Transporters SLC22A11, SLC22A13, and SLC17A1 with Hyperuricemia and Gout. Dis Markers 2024:5930566. doi: 10.1155/2024/5930566. IF ₂₀₂₃ = 3.464

 

Publikace 2023:

Fornaini NR, Bergelová B, Gvoždík V, Černohorská H, Krylov V, Kubíčková S, Fokam EB, Badjedjea G, Evans BJ, Knytl M. (2023) Consequences of polyploidy and divergence as revealed by cytogenetic mapping of tandem repeats in African clawed frogs (Xenopus, Pipidae). Eur J Wildl Res 69(4):81. doi: 10.1007/s10344-
023-01709-8. IF ₂₀₂₃  = 1.8

Knytl M, Fornaini NR, Bergelová B, Gvoždík V, Černohorská H, Kubíčková S, Fokam EB, Evans BJ, Krylov V. (2023) Divergent subgenome evolution in the allotetraploid frog Xenopus calcaratus. Gene 851:146974. doi:10.1016/j.gene.2022.146974. IF ₂₀₂₃  = 2.6

Daniel P, Balušíková K, Václavíková R, Šeborová K, Ransdorfová Š, Valeriánová M, Wei L, Jelínek M, Tlapáková T, Fleischer T, Kristensen VN, Souček P, Ojima I, Kovář J. (2023) ABCB1 Amplicon Contains Cyclic AMP Response Element-Driven TRIP6 Gene in Taxane-Resistant MCF-7 Breast Cancer Sublines. Genes (Basel) 14(2):296. doi: 10.3390/genes14020296. IF ₂₀₂₃  = 2.8

Publikace 2022:

Knytl M, Forsythe A, Kalous L. (2022) A Fish of Multiple Faces, Which Show Us Enigmatic and Incredible Phenomena in Nature: Biology and Cytogenetics of the Genus Carassius. Int J Mol Sci 23(15):8095. doi: 10.3390/ijms23158095. IF ₂₀₂₂  = 5.6

Vávra J, Mančíková A, Pavelcová K, Hasíková L, Bohatá J, Stibůrková B. (2022). Functional Characterization of Rare Variants in OAT1/SLC22A6 and OAT3/SLC22A8 Urate Transporters Identified in a Gout and Hyperuricemia Cohort. Cells 11(7):1063. doi: 10.3390/cells11071063. IF ₂₀₂₂  = 6.0

Vegrichtova M, Hajkova M, Porubska B, Vasek D, Krylov V, Tlapakova T, Krulova M. (2022) Xenogeneic Sertoli cells modulate immune response in an evolutionary distant mouse model through the production of interleukin-10 and PD-1 ligands expression. Xenotransplantation 29(3):e12742. doi: 10.1111/xen.12742. IF ₂₀₂₂  = 3.9

Elsnicova B, Hornikova D, Tibenska V, Kolar D, Tlapakova T, Schmid B, Mallek M,Eggers B, Schlötzer-Schrehardt U, Peeva V, Berwanger C, Eberhard B, Durmuş H,Schultheis D, Holtzhausen C, Schork K, Marcus K, Jordan J, Lücke T, van der Ven PFM, Schröder R, Clemen CS, Zurmanova JM. (2022) Desmin Knock-Out Cardiomyopathy: A Heart on the Verge of Metabolic Crisis. Int J Mol Sci 23(19):12020. doi: 10.3390/ijms231912020. IF ₂₀₂₂  = 5.6

Publikace 2021:

Porubska B, Vasek D, Somova V, Hajkova M, Hlaviznova M, Tlapakova T, Holan V, Krulova M. (2021) Sertoli Cells Possess Immunomodulatory Properties and the Ability of Mitochondrial Transfer Similar to Mesenchymal Stromal Cells. Stem Cell Rev Rep. 17(5):1905-1916. doi: 10.1007/s12015-021-10197-9. IF ₂₀₂₁  = 6.692

Knytl M, Fornaini NR. (2021) Measurement of Chromosomal Arms and FISH Reveal Complex Genome Architecture and Standardized Karyotype of Model Fish, Genus Carassius. Cells 10(9):2343. doi: 10.3390/cells10092343. IF ₂₀₂₁  = 7.666

Song XY, Furman BLS, Premachandra T, Knytl M, Cauret CMS, Wasonga DV, Measey J, Dworkin I, Evans BJ. (2021) Sex chromosome degeneration, turnover and sex-biased expression of sex-linked transcripts in African clawed frogs (Xenopus). Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. 376(1832):20200095. doi: 10.1098/rstb.2020.0095. IF ₂₀₂₁  = 6.671

Targueta CP, Krylov V, Nondilo TE, Lima J, Lourenço LB. (2021) Sex chromosome evolution in frogs-helpful insights from chromosome painting in the genus Engystomops. Heredity (Edinb) 126(3):396-409. doi: 10.1038/s41437-020-00385-7. IF ₂₀₂₁  = 3.832

Publikace 2020:

Sember A, Pelikanova S, de Bello Cioffi M, Slechtova V, Hatanaka T, Do Doan H, Knytl M, Rab P (2020) Taxonomic diversity not associated with gross karyotype differentiation: The case of bighead carps, genus Hypophthalmichthys (Teleostei, Cypriniformes, Xenocyprididae). Genes 11(5):479 IF₂₀₁₉ = 3.759.

Cauret CMS, Gansauge MT, Tupper AS, Furman BLS, Knytl M, Song XY, Greenbaum E, Meyer M, Evans BJ (2020) Developmental systems drift and the drivers of sex chromosome evolution. Mol Biol Evol 37(3):799-810. IF₂₀₁₉ = 11.062.

Furman BLS, Cauret CMS, Knytl M, Song XY, Pramachandra T, Ofori-Boateeng C, Jordan DC, Horb ME, Evans BJ (2020) A frog with three sex chromosomes that co-mingle together in nature: Xenopus tropicalis has a degenerate W and a Y that evolved from a Z chromosome. PLoS Genet. PLoS Genet 16(11): e1009121. IF₂₀₁₉ = 5.174.

Svaton M, Skvarova Kramarzova K, Kanderova V, Mancikova A, Smisek P, Jesina P, Krijt J, Stiburkova B, Dobrovolny R, Sokolova J, Bakardjieva-Mihaylova V, Vodickova E, Rackova M, Stuchly J, Kalina T, Stary J, Trka J, Fronkova E, Kozich V (2020). A homozygous deletion in the SLC19A1 gene as a cause of folate-dependent recurrent megaloblastic anemia. Blood. 135(26):2427-2431. DOI: 10.1182/blood.2019003178. IF₂₀₁₉ = 17.794.

Publikace 2019:

Nguyen TXM, Vegrichtova M, Tlapakova T, Krulova M, Krylov V. (2019) Epithelial-Mesenchymal Transition  Promotes the Differentiation Potential of Xenopus tropicalis Immature Sertoli Cells. Stem Cells Int 5, 8387478 (IF = 3.989).

Nguyen TXM, Vegrichtova M, Tlapakova T, Krulova M, Krylov V. (2019) The interconnection between cytokeratin and cell membrane-bound β-catenin in Sertoli cells derived from juvenile Xenopus tropicalis testes. Biology open, submitted (IF = 2.217).

Stiburkova B, Bohata J, Minarikova I, Mancikova A, Vavra J, Krylov V, Doležel Z. (2019) Clinical and Functional Characterization of a Novel URAT1 Dysfunctional Variant in a Pediatric Patient with Renal Hypouricemia. Appl Sci 9, 3479 (IF = 2,217).

Toyoda Y, Mančíková A, Krylov V, Morimoto K, Pavelcová K, Bohatá J, Pavelka K, Pavlíková M, Suzuki H, Matsuo H, Takada T, Stiburkova B. (2019) Functional Characterization of Clinically-Relevant Rare Variants in ABCG2 Identified in a Gout and Hyperuricemia Cohort. Cells 8(4) (IF = 4.829)

Seroussi E, Knytl M, Pitel F, Elleder D, Krylov V, Leroux S, Morisson M, Yosefi S, Miyara S, Ganesan S, Ruzal M, Andersson L, Friedman-Einat M. (2019) Avian expression patterns and genomic mapping implicate leptin in digestion and TNF in immunity suggesting that their interacting adipokine role has been acquired only in mammals. Int J Mol Sci 20, 4489 (IF = 4,183).

Petelak A., Krylov V. (2019) Surface sperm cell ubiquitination directly impaired blastocyst formation rate after intracytoplasmic sperm injection in pig. Theriogenology 135, 115-120 (IF = 2.136).

Targueta CP, Krylov V, Nondilo TE, Lima J,  Lourenço LB. Sex chromosome evolution in frogs – helpful insights from chromosome painting in the genus Engystomops. Heredity, submitted. (IF = 3.872).

 

Publikace 2018:

Knytl M, Tlapakova T, Vankova T, Krylov V. (2018) Silurana chromosomal evolution: A new piece to the puzzle. Cytogenet Genome Res 156, 223-228 (IF = 1.587).

Knytl M, Kalous L, Rylková K, Choleva L, Merilä J, Ráb P. (2018) Morphologically indistinguishable hybrid Carassius female with 156 chromosomes: A threat for the threatened crucian carp, C. carassius, L. PLoS One 13, e0190924 (IF = 2.766).

Publikace 2017:

Knytl M, Smolik O, Kubickova S, Tlapakova T, Evans BJ, Krylov V (2017) Chromosome divergence during evolution of the tetraploid clawed frogs, Xenopus mellotropicalis and Xenopus epitropicalis as revealed by Zoo-FISH. PLoS One 12(5): e0177087. IF = 2.766.

 

Publikace (2013-2007)

Seifertova E, Zimmerman LB, Gilchrist MJ, Macha J, Kubickova S, Cernohorska H, Zarsky V, Owens ND, Sesay AK, Tlapakova T, Krylov V. (2013) Efficient high-throughput sequencing of a laser microdissected chromosome arm. BMC Genomics. 2013 May 28;14(1):357. (IF 4,397).

Bewick AJ, Chain FJ, Zimmerman LB, Sesay A, Gilchrist MJ, Owens ND, Seifertova E, Krylov V, Macha J, Tlapakova T, Kubickova S, Cernohorska H, Zarsky V, Evans BJ. (2013) A large pseudoautosomal region on the sex chromosomes of the frog Silurana tropicalis., Genome Biol Evol., in Press.

Flajnik MF, Tlapakova T , Criscitiello MF, Krylov V, Ohta Y. (2012) Evolution of the B7 family: co-evolution of B7H6 and NKp30, identification of a new B7 family member, B7H7, and of B7's historical relationship with the MHC.

Mácha J, Teichmanová R, Sater AK, Wells DE, Tlapáková T, Zimmerman LB, Krylov V. (2012) Deep ancestry of mammalian X chromosome revealed by comparison with the basal tetrapod Xenopus tropicalis. BMC Genomics 13:315. (IF=4.073)

 

Sanchez-Ramos I,Cross I,Mácha J, Martínez-Rodríguez,Krylov V,Rebordinos L. (2012) Assessment of Tools for Marker-Assisted Selection in a Marine Commercial Species: Significant Association between MSTN-1 Gene Polymorphism and Growth Traits. The ScientificWorld Journal, Volume 2012, Article ID 369802, 10 pages, doi:10.1100/2012/369802. (Impact factor coming in 2013)

 

Vackova I, Novakova Z, Krylov V, Okada K, Kott T, Fulka H, Motlik J. (2011) Analysis of Marker Expression in Porcine Cell Lines Derived from Blastocysts Produced In Vitro and In Vivo. J Reprod Dev. 57(5):594-603. (bez afiliace)

 

Wells DE, Gutierrez L, Xu Z, Krylov V, Mácha J, Blankenburg KP, Hitchens M, Bellot L, Spivey M, Kowis A, Ye Y, Pasternak S, Owen J, Tran T, Slavíková R, Tůmová L, Tlapáková T, Seifertová E,Scherer SE, Sater AK (2011) A genetic map of Xenopus tropicalis. Dev Biol. 354(1): 1-8. (IF 4.379)

Zubáčová Z, Krylov V, Tachezy J. (2011) Fluorescence in situ hybridization (FISH) mapping of single copy genes on Trichomonas vaginalis chromosomes. Mol Biochem Parasitol. 176(2):135-137. (IF 2.875)

Krylov V, Kubíčková S, Rubeš J, Mácha J, Tlapáková T, Seifertová E, Šebková N (2010) Preparation of Xenopus tropicalis whole chromosome painting probes using laser microdissection and reconstruction of X. laevis tetraploid karyotype by Zoo-FISH. Chromosome Res18(4): 431-439. (IF 3.230)

Khokha M.K., Krylov V., Reilly M.J., Gall J.G., Bhattacharya D., Cheung C.Y., Kaufman S., Lam D.K., Macha J., Ngo C., Prakash N., Schmidt P., Tlapakova T., Trivedi T., Tumova L., Abu-Daya A., Geach T., Vendrell E., Ironfield H., Sinzelle L., Sater A.K., Wells D.E., Harland R.M., Zimmerman L.B. Rapid gynogenetic mapping of Xenopus tropicalis mutations to chromosomes. Dev Dyn. 2009; 238(6):1398-1346. (IF 2.833)

 

Krylov V, Kubíčková S, Rubeš J, Mácha J, Tlapáková T, Seifertová E, Šebková N (2010) Preparation of Xenopus tropicalis whole chromosome painting probes using laser microdissection and reconstruction of X. laevis tetraploid karyotype by Zoo-FISH. Chromosome Res18(4): 431-439. (IF 3.230)

Khokha MK, Krylov V, Reilly MJ, Gall JG, Bhattacharya D, Cheung CY, Kaufman S, Lam DK, Mácha J, Ngo C, Prakash N, Schmidt P, Tlapáková T, Trivedi T, Tůmová L, Abu-Daya A, Geach T, Vendrell E, Ironfield H, Sinzelle L, Sater AK, Wells DE, Harland RM, Zimmerman LB (2009) Rapid gynogenetic mapping of Xenopus tropicalis mutations to chromosomes. Dev Dyn. 238(6):1398-46. (IF 2.864)

Krylov V, Tlapáková T, Mácha J, Curlej J, Ryban L, Chrenek P (2008) Localization of human coagulation factor VIII (hFVIII) in transgenic rabbit by FISH-TSA: identification of transgene copy number and transmission to the next generation. Folia Biol (Praha) 54(4):121-4. (IF 0.729)

Krylov V, Tlapakova T, Mácha J. (2007) Localization of the single copy gene Mdh2 on Xenopus tropicalis chromosomes by FISH-TSA.(IF 1.783)