Motivační stipendium se každoročně vypisuje na podporu těch studentů prvních ročníků, kteří byli v příslušném roce přijati do bakalářského studia na základě upuštění od přijímací zkoušky nebo studentů navazujícího magisterského studia, kteří absolvovali předchozí bakalářské studium s vyznamenáním.
Získání tohoto mimořádného motivačního stipendia nevylučuje možnost získat také stipendium za vynikající studijní výsledky prvního úseku studia.
Podmínky přiznání těchto stipednií specifikuje opatření děkana k přiznávání a vyplácení stipendií na Přírodovědecké fakultě UK.