Významné mezníky v historii pražského botanického pracoviště – konec 19. století a období začátku 20. let století 20.
Historie prvního Botanického ústavu na české univerzitě (po rozdělení Karlo – Ferdinandovy univerzity na českou a německou z roku 1882) je pevně svázána s rokem 1898, s rokem výstavby nové budovy v Benátské ulici v areálu Botanické zahrady UK v ulici Na Slupi. Jeho prvním ředitelem byl prof. Ladislav Čelakovský. Na počátku XX. století sílily snahy předních českých vědců o založení samostatné přírodovědecké fakulty, v těchto aktivitách se také angažovali dva významní čeští botanici – prof. Josef Velenovský a prof. Bohumil Němec a jejich snahy získaly konkrétní podobu až dva roky po vzniku samostatné ČSR v roce 1920, kdy vznikla samostatná Přírodovědecká fakulta UK, jejíž součástí byl Botanický ústav.
Období od roku 1920 – do roku 1939
- V roce 1924 se původní Botanický ústav rozdělil z iniciativy prof. PhDr. Karla Domina na ústavy dva – farmaceuticko – botanický, v jehož čele stál prof. PhDr. Domin a jeho úkolem byla výchova farmaceutů v botanice. Ústav druhý – botanický, který vedl prof. PhDr. Josef Velenovský, byl více zaměřen do oblasti mykologie, fytopaleontologie a srovnávací morfologie.
- Rok 1927 se stal po odchodu prof. Velenovského do důchodu rokem spojení obou samostatných ústavů a ředitelem se stal prof. Domin.
- V roce 1933 se z iniciativy prof. Domina vyčlenila vedle již stávajícího kryptogamologického oddělení (jehož vedoucím byl do roku 1931 prof. PhDr. Jan Vilhelm, v následujících letech prof. RNDr. Jindřich Suza), oddělení nová – oddělení vyšších rostlin, oddělení farmaceutické botaniky (vedoucí obou oddělení: prof. PhDr. František A. Novák), oddělení geobotanické (vedoucí: prof. RNDr. Vladimír Krajina) a oddělení fytopaleontologie (vedoucí: externí spolupracovník prof. RNDr. František Němejc).
- Hlavními směry výzkumu ústavu pod vedením prof. Domina byla geobotanika, systematická botanika a floristika. Toto období končí násilným zavřením vysokých škol v listopadu roku 1939.
Období poválečné
Po druhé světové válce se stal do roku 1950 ředitelem tehdejšího botanického ústavu a botanické zahrady prof. PhDr. František A. Novák. F. A. Novák pracoval úctyhodných 45 let jako vysokoškolský učitel a svůj život zasvětil taxonomii cévnatých rostlin. V době jeho působení vzniklo na pracovišti kolektivní dílo Květena ČSR (1948 - 1950), na které se velkým dílem podílel prof. RNDr. Josef Dostál, který výrazně přispěl k rozvoji české floristiky, systematiky a fytogeografie. V r. 1950 vznikla na základě nového vysokoškolského zákona společná katedra botaniky, do níž byla začleněna nejen botanická pracoviště, ale i tři další ústavy (fyziologicko - anatomický, mikrobiologický a genetický). Již v r. 1952 se tyto ústavy oddělily a vznikla samostatná katedra botaniky, jejímž vedoucím se stal prof. RNDr. Jaromír Klika, DrSc.. V letech 1954 - 1970 byl vedoucím katedry jmenován prof. RNDr. Bohuslav Fott, DrSc., díky kterému se na katedře v poválečném období začala progresivně rozvíjet algologie. Z kryptogamologického oddělení pocházel i následující vedoucí katedry, odborník na taxonomii a ekologii vřeckovýtrusných hub a rzí doc. RNDr. Zdeněk Urban, DrSc..V roce 1978 byla katedra rozdělena na katedru botaniky nižších rostlin, kterou dále vedl do roku 1984 prof. Urban a po něm prof. RNDr. Jiří Váňa, DrSc., a katedru botaniky vyšších rostlin pod vedením prof. RNDr. Radovana Hendrycha, DrSc.. Oddělení geobotaniky bylo přičleněno ke katedře botaniky vyšších rostlin a v tomto nelehkém období ji vedla doc. RNDr. Jiřina Slavíková, CSc.. Ke sjednocení došlo opět v roce 1986, kdy se katedrovým vedoucím stal prof. Váňa. V letech 1990 - 1994 byl vedoucím katedry prof. Ing. Jan Jeník, CSc. a od roku 1994 je v jejím čele doc. RNDr. Bohdan Křísa, CSc.. Katedra je v současnosti členěna na tato oddělení: oddělení bezcévných rostlin, které je zaměřeno na algologický, mykologický a bryologický výzkum, oddělení cévnatých rostlin, které je v současné době orientováno na výzkum české květeny v přímé návaznosti na vydávání mnohosvazkového díla Květena České republiky a dále na taxonomické studie některých rostlinných rodů, oddělení geobotaniky, které se zabývá výzkumem lesní, bylinné a synantropní vegetace, studiem její struktury a dynamiky a ochranou genofondu rostlinných stanovišť.
Významné osobnosti české botaniky na pražském botanickém pracovišti
- Ladislav Čelakovský, prof., PhDr. (1834–1903) — první řádný profesor botaniky, velký znalec české květeny, morfolog, autor Prodromus květeny české (I. díl německy 1876, česky 1868, II. díl 1871, 1873, III.díl 1875,1877, IV. díl 1881,1883)
- Josef Velenovský, prof., PhDr. (1858–1949) — odborník na mykologii, dalším zaměřením fytopaleontolog a srovnávací morfolog, zakládající člen a první předseda České botanické společnosti (od roku 1912)
- Jaromír Klika, prof., PhDr., DrSc. (1858–1957) — geobotanik, autor známých studií o xerothermní vegetaci Českého Středohoří a Křivoklátska
- Jan Vilhelm, prof., PhDr. (1876–1931) — první řádný profesor algologie, vedoucí kryptogamologického oddělení od roku 1927
- Karel Domin, prof., PhDr. (1882–1953) — geobotanik, taxonom, morfolog, v letech 1922 -1923 děkan přírodovědecké fakulty, v letech 1933 - 1934 rektor Karlovy Univerzity
- Jindřich Suza, prof., RNDr. (1890–1951) — lichenolog, práce o fytogeografii lišejníků Čech, Moravy a Slovenska
- František A. Novák, prof., PhDr. (1892–1964) — taxonom cévnatých rostlin, autor Rostlinopisu (1932 - 1946), Vyšší rostliny (1961), v letech 1945 - 1946 děkan přírodovědecké fakulty
- František Schustler, prof., PhDr. (1893–1925) – zakladatel geobotaniky na UK
- Karel Cejp, prof., RNDr., DrSc. (1900–1979) — mykolog a fytopatolog, odborník na taxonomii a ekologii především mikroskopických hub
- Josef Dostál, prof., RNDr. (1903–1999) — významný český taxonom, člen mezinárodního díla Flora Europaea, autor Klíče k úplné květeně ČSR (1954)
- Erich Daumann, prof., RNDr., CSc. (1905–1978) — květní ekolog
- Vladimír Krajina, prof., RNDr. (1905–1993) — významný geobotanik
- Václav Jirásek, doc., RNDr., CSc. (1906–1991) - odborník na taxonomii čeledi Poaceae, znalec užitkových rostlin
- Bohuslav Fott, prof. RNDr., DrSc. (1908–1976) — světoznámý taxonom sladkovodních řas
- Zdeněk Urban, prof., RNDr, DrSc. (1923–2000) — odborník na taxonomii a ekologii rzí
- Olga Fassatiová, doc., RNDr., CSc. (1924–2011) — mykoložka, odbornice
na mikroskopické houby, zakladatelka Sbírky kultur hub (CCF) - Vladimír Skalický, doc., RNDr., CSc. (1930–1993) — mnohostranný odborník v taxonomii parazitických hub a vyšších rostlin, fytogeograf, florista, velký popularizátor botaniky
- Jan Jeník, prof., Ing., CSc. — geobotanik, autor studií o vlivu klimatických činitelů na vysokohorkou vegetaci, v roce 1970 byl nucen katedru opustit, jeho výzkum je zaměřen na ekologii lesní, horské a tropické vegetace