Geografie na UK patří mezi nejlépe hodnocené obory v mezinárodním kontextu. Jako jediný obor UK se stabilně umisťuje v druhé padesátce žebříčku QR World University Ranking.
Klíčový program koncepčního rozvoje výzkumu představuje Program COOPERATIO (2022–2026). Program nastavuje dlouhodobý plán výzkumu ve vědní oblasti geografie, zajišťované na Geografické sekci Přírodovědecké fakulty UK v oborech fyzická geografie a geoekologie, sociální geografie a regionální rozvoj, demografie, kartografie a geoinformatika. Program navazuje na předchozí programy institucionální podpory PROGRES (2017–2021) a PRVOUK (2012–2016). Tým vynikajících Juniorských badatelů napříč geografickými obory byl v letech 2012–2023 podpořen v rámci Univerzitního centra excelence UNCE, studenti pak mají možnost využít i prostředků SVV (Specifický vědecký výzkum).
Integrujícím prvkem zaměření výzkumu geografických pracovišť jsou rizikové procesy a dynamika změn přírodních a socioekonomických systémů, probíhající na rozdílných prostorových úrovních. Výzkumné týmy v těchto směrech výzkumu řeší řadu různorodých témat, jako jsou přírodní ohrožení a rizika, hydrologické extrémy a odtokový režim, změny ekologického stavu a zátěže prostředí, výzkum horských jezer, změny biotopů a krajinné struktury, problémy regionálního rozvoje vybraných oblastí, urbanizace a suburbanizace, proměny venkovské krajiny, procesy vnitřní a zahraniční migrace, současné změny demografického chování obyvatelstva, populační prognózy, studium populačního klimatu a populační politiky, pořizování, zpracování a analýza geoinformačních dat, dálkový průzkum Země nebo numerické modelování procesů.
Ve výzkumných aktivitách geografických pracovišť hrají rozhodující roli výzkumné týmy, které koordinují výzkumné aktivity v jednotlivých disciplínách a oborech. Ve výzkumných týmech se soustředí akademičtí pracovníci, postgraduální studenti i externí spolupracovníci, zabývající se řešením společných výzkumných otázek v rámci realizovaných projektů základního i aplikovaného výzkumu. Pracovníci geografické sekce PřF UK jsou úspěšnými řešiteli mnoha zahraničních i tuzemských výzkumných grantů a projektů, a to jak teoretické, tak aplikační povahy. Jednotlivé katedry se účastní řešení řady zejména evropských výzkumných projektů, mj. H2020, projektů COST, INTERREG, IDEA, WCRP nebo ESA, stejně jako např. projektů NASA aj. Odborníci z geografických pracovišť tak řeší výzkumné projekty v různých regionech světa, mj. v oblastech Jižní Ameriky, Střední Asie, Svalbardu nebo na České antarktické stanici J. G. Mendela, ostrov Jamese Roose. Těžiště výzkumných aktivit je ovšem soustředěno na oblast Evropy.
Největší podíl na zajištění výzkumných projektů mají národní projekty. Jde zejména o standardní či juniorské granty GAČR, centrum excelence GAČR, NAKI a dále projekty aplikovaného výzkumu, realizované v rámci grantů TAČR nebo smluvního výzkumu. Postgraduální studenti rozvíjejí své výzkumné projekty podpořené prostřednictvím GAUK.
Geografická sekce v letech 2014–2015 získala podporu pro modernizaci přístrojového vybavení v rámci projektu OP VaVpI "Rozvoj PřF UK". Z hlediska budoucí perspektivy je zásadní plánované zapojení uvedených směrů výzkumu do univerzitního centra excelence Globcentrum, kde budou klíčové výzkumné týmu moci využívat synergií z mezioborového výzkumu, sdílené infrastruktury a přístrojových kapacit.